Архитектурное образование получил в Академии изящных искусств, в Вене, у профессора Отто Вагнера. В начальный период своего творчества находился под влиянием стиля Венский сецессион. Позднее, после знакомства с работами Фрэнка Ллойда Райта постепенно переходит к формам функционализма. Одновременно включает в свои работы чешские национальные элементы так, что в результате получается симбиоз модернистского и национального в его архитектуре. Оказал влияние на развитие чешской архитектуры не только созданными им зданиями, но и как преподаватель. Одним из наиболее известных учеников Яна Котеры был Йозеф Гочар. Я.Котера был профессором пражской Академии художеств и основателем в ней класса архитектуры.