Родился в учительской семье в восточной Моравии, фольклорно-песенном краю, с которым остался связан на всю жизнь. В 1941 закончил гимназию в Брно, служил кинобилетером, в 1942 был отправлен немецкими войсками на принудительные работы в Австрию — рыл туннели и прокладывал дороги.
После войны закончил философский факультет университета Масарика в Брно. С 1948 работал вёл рубрику «Культура» в брненском журнале «Rovnost», подружился с его редактором, поэтом Олдржихом Микулашеком. В 1954 перешёл работать в редакцию литературы на радио Брно, с 1963 издавал вместе с Микулашеком журнал «Host do domu» («Гость в дом»).
После подавления Пражской весны журнал был в 1969 году закрыт, произведения Скацела запрещены, ему была полностью перекрыта дорога в печать. Поэт оказался приговорён к «внутренней эмиграции» и лишён каких бы то ни было источников существования, жил в крайней бедности. Однако его стихи распространялись в самиздате, публиковались и переводились за рубежом, он был избран членом-корреспондентом Баварской Академии изящных искусств в Мюнхене. Лишь после 1981 Скацел вернулся к публичной жизни, его стихи вновь начали публиковать, пусть с цензурными ограничениями и маленькими тиражами. Он несколько дней не дожил до бархатной революции.
Для поэзии Скацела характерна тесная связь с моравской фольклорной традицией, религиозной поэзией чешского Средневековья, крайний лаконизм и, вместе с тем, максимальное выявление семантических богатств чешского и моравского слова. Милан Кундера, сближавший эту смысловую углубленность Скацела с этимологическими поисками Хайдеггера, признавался, что с родным языком его связывают именно скацеловские стихи.
Скацел переводил Плавта и Софокла. Лауреат Премии Петрарки (июнь 1989, Лукка, лаудация Петера Хандке), Международной Премии Виленицы (осень того же года, Словения). Его стихи и микропроза переводились на английский, французский, немецкий, итальянский, испанский, польский, словенский, русский языки, причем среди его переводчиков — крупные европейские поэты (Ф. Жакоте, П.Хандке, Р. Кунце).
В 2002 Ян Скацел получил звание почетного гражданина Брно.