Ян ван Скорел родился в городке, называемом Схорл (Schoorl или Scorel), откуда и прозвище. Сначала готовился к карьере священнослужителя, благодаря чему получил обширное гуманистическое образование.
Живописи Скорел учился в Утрехте у Яна Госсарта (с 1516). Перед этим, вероятно, обучался у Я.Корнелица (Jacob Cornelisz) в Амстердаме.
С 1518 по 1524 художник путешествовал по Германии, Швейцарии, Италии. Лично знал Дюрера, брал у него уроки. Совершил паломничество в Палестину. Вернувшись в 1521 г. в Рим, получил предложение от Адриана VI, также уроженца Утрехта, только что избранного папой римским, стать придворным художником Ватикана.
В Риме Скорел занимал должность хранителя памятников Бельведера (1522—1524) — античной коллекции папы. (На этом посту ему предшествовал Рафаэль). Писал портрет папы (сохранившееся изображение этого понтифика приписывается именно Скорелу, правда, качество вызывает сомнения). Адриан VI занимал эту должность недолго — всего спустя два года, в 1524 г. он скончался. Видимо, в связи с этим Скорел покинул Италию.
В 1524 г. он вернулся в Утрехт, где принял сан. Став католическим священником, Скорел, тем не менее, продолжал писать картины и держать художественную мастерскую, был успешным преподавателем. В 1550 г. ему доверили реставрацию «Гентского алтаря» братьев Эйков.
Предположительно, брал с собой в Италию ученика — Антониса Мора, которому будет суждено стать известным портретистом. Другой его ученик — Мартин ван Хеемскерк (Maerten van Heemskerck).
Кроме живописи, Скорел также писал стихи, был музыкантом и археологом-любителем, архитектором и инженером — всесторонне одаренным «человеком Эпохи Возрождения».
Он освоил художественные принципы «дунайской» и венецианской школ, в Риме изучил произведения Микеланджело и Рафаэля, а также античное искусство. Во время его пребывания в Венеции большое влияние на Скорела оказал Джорджоне (особенно в пейзажах).
Считается, что именно он был одним из первых представителей Северного Возрождения, кто привил нидерландской живописи достижения и находки итальянского чинквеченто.
Портретная живопись Скорела отличается качеством, строгостью и реалистичностью, присущим национальной нидерландской школе, и находится в русле его великих предшественников (ван Эйк, проч.). К числу новшеств после посещения Италии относят большую свободу пейзажных фонов, античные архитектурные детали, большую театрализованность позирования моделей.
Портреты: «Агата ван Схонсховен» (1529, галерея Дория-Памфили, Рим), групповой портрет членов харлемского Иерусалимского братства (ок. 1527—1529, Центральный музей, Утрехт). Данное произведение считается одним из первых в чреде голландских групповых портретов, которые будет создавать и Рембрандт.
В число произведений входят: «триптих со Святым семейством» (Sippenaltar) (1520, церковь Санкт-Мартин, Обервеллах в южной Австрии), триптих Локхорст с Входом в Иерусалим на центральной панели (ок. 1525—1527, Центральный музей, Утрехт), Принесение во храм (ок. 1528—1530, Художественно-исторический музей, Вена). Очень многие из его алтарных произведений были уничтожены в ходе кальвинистического иконоборческого восстания в Нидерландах (см. иконоборчество).