Яниш познакомился с шахматами в детстве. Уже в 30-х годах 19-го века, он принял активное участие в шахматной жизни Петербурга: играл в столичных турнирах, вел партии по переписке с шахматистами Дерпта (ныне Тарту).
Исследования в области эндшпиля и дебютной теории захватывают его настолько, что, уже будучи профессором математики, он оставляет научно-педагогическую работу и полностью посвящает себя шахматам.
Яниш был одним из сильнейших шахматистов России, однако по силе игры уступал Петрову и Шумову, которому в 1854 году проиграл матч (со счётом +3, ?5, =4). Во время пребывания в Германии в 1842 году неоднократно играл с Лаза, Л. Бледовым и другими. В 1851 году Яниш был приглашён на 1-й международный турнир в Лондоне, но опоздал и по его окончании сыграл матч с Стаунтоном (+2, —7, =1).
В 50-60-х годах XIX века Яниш много занимался исследованием шахмат с помощью математических методов; этой проблеме посвящен «Трактат о приложении математического анализа к шахматной игре», вышедший на французском языке в Петербурге в 1862—1863 годах.
В 1837 году Яниш опубликовал в Петербурге исследование «Открытие в игре шахматного коня», посвящённое анализу позиций, где король и конь выигрывают против короля с пешками.
Сильное впечатление на современников произвёл его 2-х томный труд «Новый анализ начал шахматной игры», изданный на французском языке в 1842-43 годах в Дрездене и Петербурге. Им подробно исследованы наиболее популярные в то время дебюты, как открытые начала — защита Петрова, или русская партия, итальянская и венская партии, дебют слона и другие открытые, так и полуоткрытые и закрытые начала, в том числе изобретённый Янишем сицилианский гамбит, ферзевый гамбит. В «Хандбухе» (Берлин, 1843) работа Яниша названа классической.
В 1847 году в Лондоне в переводе Джона Уокера вышла книга «Шахматное руководство Яниша — новый анализ игры».
Среди его последующих фундаментальных открытий — гамбит Яниша, ведущий к острой игре, обоснование защиты в испанской партии («Deutsche Schachzeitung», 1846 год), разработка теории французской защиты («Чесс уорлд», 1868 год).
Яниш занимался также шахматной композицией: разработал теорию составления задач на обратные маты, составил ряд оригинальных этюдов с превращениями пешек в разные фигуры.
Вместе с тем Яниш многое сделал для популяризации шахмат в России: он был одним из основателей Петербургского общества любителей шахматной игры (1853), автором 2 изданий «Устава шахматной игры» (1854 и 1857 годах), редактором первого в России постоянного шахматного раздела в газете «Санкт-Петербургские ведомости» (1856 год).
Карл Яниш внёс вклад в исследовании Русской партии и Испанской партии. В Испанской партии его именем назван гамбит: «Гамбит Яниша»: 1.e2-e4 e7-e5 2.Кg1-f3 Кb8-c6 3.Сf1-b5 f7-f5. Его имя носит замечательный маршрут обхода конём шахматной доски.