Яннис Бутарис родился на северо-востоке Греции в городе Салоники. Отец Янниса — винодел Стелиос Бутарис; мать - Фанни Влаху.
Начальное образование Яннис Бутарис получил в экспериментальной школе при Университете Аристотеля, затем продолжил обучение в Анатолийском коледже родного города. Высшее образование получил в Университете Аристотеля, по специальности химик.
Будучи с детства знакомым с винодельческим промыслом Яннис Бутарис пошёл по стопам отца, став основателем винодельной компании KIR-YIANNI. Помимо этого, Я. Бутарис в 2009 году стал одним из основателей греческой политической партии Драси (греч. ?????) и экологического центра «Актурос».
На местных выборах 2010 года действующий глава города Василис Папагеоргопулос уступил Яннису Бутарису, который баллотировался на должность мера Салоник от руководящей партии ПАСОК (Всегреческое социалистическое движение). К своим полномочиям Бутарис приступит 1 января 2011 года.