Представитель влиятельного рода Фолькунгов, 4-й сын Магнуса Миннелшельда. Родился и вырос в родовом поместье Бьельбу. Первое упоминание Биргера в хрониках относится к 1237 году, когда он женился на сестре короля Эрика Шепелявого Ингеборг, которая была, как минимум, четвероюродной племянницей Александра Невского. Хотя летописи (в частности, хроника Эрика) указывают на «честный» характер сватовства Биргера, необходимо учитывать, что к тому времени двоюродный брат Биргера Ульф Фасе был ярлом уже около 15 лет, а наследников у тяжело больного (и реально не управлявшего страной) короля не было.
Утверждения об участии Биргера в Невской битве 1240 года основаны только на «Рукописании Магнуша» — завещании шведского короля Магнуса Эрикссона (1316—1374); подлинность данного документа более чем сомнительна.
После смерти Ульфа Фасе в 1248 году Биргер, разбив конкурентов, стал ярлом Швеции и во главе армии отправился в завоевательный поход в Финляндию, который пришлось прервать после получения известий о смерти короля (1250).
Шведская знать выступила против того, чтобы новым королем стал Биргер, однако ему удалось посадить на трон своего старшего сына Вальдемара, которому тогда было одиннадцать лет. Регентом при нём стал сам Биргер. В 1251 году, однако, против него был начат мятеж, возглавляемый его ближайшими родственниками. В результате армия мятежников была разбита, Филипп Кнутсон (сын короля Кнута Длинного) и Кнут Магнуссон (внук ярла Кнута Биргерсона и короля Кнута Эрикссона) были казнены, а сын Ульфа Фасе йонкер Карл — изгнан из страны.
Расправившись с конкурентами, Биргер начал проводить политику, направленную на укрепление государства и социальной стабильности. Сына Вальдемара он женил на дочери датского короля, своих дочерей выдал замуж за представителей правящих домов Норвегии и северогерманских княжеств, подписал торговые договоры с Любеком, Гамбургом и Англией. В Финляндии им была основана крепость Тавастгуст, был укреплен Стокгольм, ставший столицей страны.
Биргер известен и как законодатель — он, в частности, запретил пытки раскаленным железом (бывшие обычной практикой со времен викингов), признал за дочерями право на наследство (не меньше половины от наследства сына), поощрял строительство церквей как центров культуры и грамотности. Поддержка церкви, вместе с династическими связями с соседними странами, позволило основанной им династии править в Швеции и Норвегии до середины следующего века.
Биргер Магнуссон умер в Яльболунге в 1266 году. Его могила была вскрыта в 2002 году — исследования останков позволили реконструировать его вероятный облик и определить, что в момент смерти ему было около пятидесяти лет. В районе правой глазницы обнаружены следы серьёзной травмы, что перекликается со словами летописца о стычке на поле боя Александра Невского с Биргером: «самому королю възложи печать на лице острымь своимь копиемь».
В Стокгольме есть площадь и памятник Биргеру Ярлу.