По мнению Флегра, сочетание отрицательного резус-фактора и токсоплазмоза снижает быстроту реакции, что важно для водителей или пилотов, чтобы не попасть в аварию. Токсоплазмоз выявлен у трети чешского населения.
Автор книги Frozen Evolution, где выдвигается гипотеза «замороженной пластичности» для адаптивных изменений в процессе эволюции при половом воспроизведении.
Порой высказываются мнения о том, что Ярослав Флегр якобы является сторонником изысканий Т. Лысенко. Этому, однако, противоречит его же высказывание относительно лысенковщины: