Ярослав Николаевич Щапов с 1987 года является членом-корреспондентом АН СССР, с 1991 года — Российской академии наук. Председатель Научного совета «Роль религий в истории» РАН, председатель двусторонней Комиссии историков России и Польши, Почётный член российского «Императорского Православного Палестинского Общества», руководитель департамента науки Российского дворянского собрания и секции истории Центрального (Московского) дома учёных — это лишь часть профессиональной деятельности почётного гражданина Подольского района Ярослава Николаевича Щапова.
Ярослав Щапов — автор восьми книг и 295 публикаций. В 1988 году он был был награждён орденом Дружбы народов, в 1994 ему присуждена академическая премия им. Б. Д. Грекова, а в 1998 году 70-летний учёный стал кавалером ордена Почёта. За организацию совместной работы светских и церковных учёных-энциклопедистов Патриарх Московский и всея Руси Алексий II наградил Я. Щапова орденом преподобного Сергия Радонежского II степени и благословил старинной Владимирской иконой Божией Матери, которая теперь находится в Щаповском музее.
В 2005 году Паломнический центр Московского Патриархата издал Юбилейный сборник, посвященный члену-корреспонденту РАН Я. Н. Щапову «От Древней Руси к новой России», куда вошли статьи сорока авторов — друзей и коллег Ярослава Николаевича Щапова.
Ярослав Щапов долгое время проработал на должности директора «Муниципального музея истории усадьбы Щапово» (ушёл с этой должности в 2008 г.). Свою деятельность в качестве директора этого музея Щапов отметил своими печатными трудами: «Усадьбы Южного Подмосковья. Материалы научно-практической конференции 29-30 марта 2000 года» (Подольск, 2000 год); «Щаповская сельскохозяйственная школа — перекличка столетий» (К 100-летию ее основания) — (Подольск, 2003 год); «Каталог выставки старинных и редких книг, настенных листов и экслибрисов» — Москва, 2006 год; «Село Александрово — поселок Щапово XVII—XXI века» — (2007 год). Заботы по организационным работам в «Русской усадьбе» вместе с Ярославом Николаевичем разделили многие его коллеги-историки, московские, подольские и местные краеведы, а так же его супруга — профессор МГУ, доктор исторических наук Юлия Леонидовна Щапова. Администрацией Подольского района супругам предоставлен в пожизненное пользование один из домов Щаповского музейного комплекса.
Супруга — Щапова Юлия Леонидовна (профессор МГУ, археолог и историк).