Свою профессиональную карьеру Эндо начал в клубе «Йокогама Флюгелс», затем два сезона отыграл за «Киото Санга». С 2001 года выступает за «Гамба Осака», проведя за это время в её составе в различных турнирах более 300 матчей.
В национальной сборной Ясухито Эндо дебютировал 20 ноября 2002 года в матче со сборной Аргентины, к настоящему моменту он провёл в её составе 100 матчей, и забил 9 голов. Эндо включён в заявку Японии на чемпионат мира 2010, и это будет его второй чемпионат мира.