Хондиус родился в семье Оливье де Хондта и Петронеллы д’Хавертун в местечке Ваккен во Фландрии. Его семья переехала в Гент, и в возрасте восьми лет Йодокус был отдан в ученики граверу. В 1584 г. он бежал в Лондон, спасаясь от бушевавшей в Нидерландах восьмидесятилетней войны.
В Лондоне он учился у Ричарда Хаклюйта и Эдварда Райта, а 1593 г. перебрался в Амстердаме где стал специализироваться в производстве карт и глобусов. Два глобуса Хондиуса увековечены на полотнах Яна Вермеера «Астроном» и «Географ».
В 1600 году он изготовил небесный глобус, с двенадцать новыми созвездиями южного полушария, открытыми голландским штурманом Питером Дирксзуном Кейзером.
В 1604 году Хондиус купил печатные формы всемирного атласа Меркатора, популярность которого падала по сравнению с «Theatrum Orbis Terrarum» Абрахама Ортелия. Хондиус добавил к атласу около сорока собственных карт и опубликовал расширенное издание в 1606 г. под авторством Меркатора, а себя указал в качестве издателя. Это атлас неоднократно переиздавался и сегодня известен как «атлас Меркатора-Хондиуса».
Незадолго до смерти Хондиуса, голландский издатель Ян Янссон женился на его дочери Элизабет. В 1612 г. после его смерти руководство издательством перешло к его вдове и сыновьям. С 1633 г. Янссон стал выступатъ в качестве делового партнера и издателя дальнейших публикаций атласа. Атлас переиздавался около 50-ти раз и был переведен на многие европейские языки. В исламском мире атлас был частично переведен турецким ученым Кятибом Челеби.
В 1629 году печатные формы Йодокуса Хондиуса были куплены Виллемом Блау и составили основу его атласа.