Родился в 1971 году в семье финских шведов.
В 1997—1998 годах работал в Таллине. Позднее периодически посещал Санкт-Петербург, где в 2000 году организовал издательство «Johan Beckman Institute», выпускающее книги по военной истории.
В 2006 году получил учёную степень доктора политологических наук (фин. valtiotieteiden tohtori (VTT)) в Хельсинкском университете, тема его работы была посвящена организованной преступности в России и Эстонии. Автор работ о финляндско-российских отношениях, военной истории Финляндии.
В феврале 2007 года выпустил в Финляндии книгу «Saatana saapuu Helsinkiin: Anna Politkovskajan murha ja Suomi» (рус. Дьявол прибывает в Хельсинки - убийство Анны Политковской и Финляндия). В издании этой книги на русском языке, которое появилось под названием «Финляндия, кровью Анны Политковской умытая», Бекман излагает версию, согласно которой убийство журналистки было организовано кругами, желавшими дискредитировать В. В. Путина.
Преподавал в университете Турку, но в 2009 году университет отказался от его услуг..
В настоящее время преподаёт в университетах Хельсинки и Йоэнсуу, специализируясь на криминологии, социологии права (социологическая юриспруденция) и политической истории. В университете Хельсинки работает доцентом социологии права , в университете Йоэнсуу — доцентом криминологии.
Стал известен в Эстонии благодаря книге «Бронзовый солдат — фон и содержание споров вокруг памятника в Эстонии» (фин. Pronssisoturi – Viron patsaskiistan tausta ja sis?lt?). В книге рассматриваются история Эстонии во время Второй мировой войны, финское и эстонское сотрудничество с нацистской Германией, а также действия эстонских властей из-за переноса Бронзового солдата. Центральной темой является Холокост в Эстонии. Бекман утверждает, что Эстония не имеет будущего как независимое государство. Книга была встречена критикой со стороны ряда государственных деятелей. Депутат Рийгикогу Тривими Веллисте назвал книгу «частью информационной войны против Эстонии». Негативно отозвался о книге комиссар полиции безопасности Андрес Кахар. Несколько эстонских и финских общественных деятелей направили ректору Хельсинкского университета открытое письмо с осуждением книги, оценив её как «враждебную пропаганду, направленную против государства и его народа». По словам Бекмана, после выхода книги в его адрес поступали анонимные угрозы расправы.
В 2002 году издательство Бекмана выпустило книгу российского историка Николая Барышникова «Блокада Ленинграда и Финляндия. 1941?1944» (Санкт-Петербург; Хельсинки: Johan Beckman Institute, 2002), рассказывающую о роли Финляндии в блокаде Ленинграда во время Второй мировой войны. По мнению, которое расходится с господствующим в Финляндии историографическим направлением, финская сторона имела агрессивные устремления и планировала уничтожение Ленинграда. Презентация, на которой присутствовали финские эксперты и министр иностранных дел Финляндии, состоялась в Хельсинкском университете. Книга вызвала неоднозначную реакцию финских историков, против одного из оппонентов Бекман подал судебный иск. Как заявил сам Бекман в интервью изданию «Эксперт», «для финнов психологически очень трудно признать, что Финляндия практически являлась союзником фашистской Германии во Второй мировой войне. Им не хотелось бы говорить об этом». Хельсинкский университет заявил, что Йохан Бекман не представляет позицию университета по истории Эстонии, выступая перед общественностью как частное лицо.
Бекман выступал в защиту Арнольда Мери, против которого августе 2007 года прокуратурой Эстонии было возбуждено уголовное дело по обвинению в организации и участии в депортации жителей острова Хийумаа в марте 1949 года.
Сотрудничает с общественной организацией Латвийский антифашистский комитет.
В 2009 году Йохану Бекману было отказано во въезде в порт Таллина властями Эстонии. Бекман планировал принять участие в семинаре со своими единомышленниками из движения «Ночной дозор», и в акциях протеста. Представитель Министерства внутренних дел Эстонии подтвердила, что он объявлен персона персоной нон-грата, министр внутренних дел Юри Пихл указом от 24 апреля ввёл временный запрет на его въезд. Точные причины запрета на въезд не были озвучены со ссылкой на Закон о защите персональных данных (Personal Data Protection Act). Сам Бекман расценил данный отказ как нежелание слышать правду о своей истории.
В июне 2009 года Бэкман являлся кандидатом на выборах в Европейский парламент по списку Рабочих партии Финляндии. Он проиграл, получив 554 голоса.
В октябре 2009 года он подал в Таллинский административный суд иск против Юри Пихла, на тот момент уже бывшего министра внутренних дел Эстонии с требованием признать неправомерным временный запрет на въезд в Эстонию.. Суд не удовлетворил иск Бекмана.
Бэкман был активным комментатором для прессы, в ходе инцидентов с детьми российско-финляндских семей (Антон Салонен в 2009 году и Роберт Рантала в 2010 году).
В июле 2010 года Бекман обратился через СМИ к российским властям, предложив инициировать соглашение с Финляндией, которое бы защитило права детей в смешанных браках и их родителей—россиян.
Газета Коммерсантъ оценила Бэкмана, как посвятившего свою жизнь защите имиджа России за рубежом:
По сообщениям газеты Eesti P?evaleht, группа деятелей культуры и политиков из Эстонии и Финляндии направили ректору Хельсинкского университета открытое письмо, в котором приравнивают Йохана Бекмана к отрицателям Холокоста и ставят под сомнение его компетентность как преподавателя Хельсинкского университета. Авторы письма утверждают, что своими заявлениями Бекман распространяет враждебную по отношению к Эстонии пропаганду.
Журналист шведской газеты «Sydsvenska Dagbladet» Калле Книйвиля негативно отозвалась о Бекмане и российских журналистах, присутствовавших на его пресс конференции
Эстонский журналист Хейки Сууркаск считает организацию «Финляндский антифашистский комитет» радикальной огранизацией[нет в источнике][неавторитетный источник?]
Лауреат литературной премии им. маршала Говорова.
Жена Бекмана — филолог, преподаватель русского языка и литературы. У Бекмана трое детей.