Йоханан Локер родился в 1958 году в семье Мартина и Ривки Локер. Отец Локера, Мартин, пережил Холокост в Европе и приехал в Израиль на борту судна «Альталена». Локер рос в Тель-Авиве. Семья переехала на два года в Германию, где отец Локера занимался бизнесом. По возвращении в Израиль Локер окончил среднюю школу «Ирони Алеф» в Тель-Авиве.
В 1976 году Локер был призван на службу в Армии обороны Израиля и начал службу в ВВС. Через три года окончил курсы лётчиков ВВС (ивр. ?) по специальности штурман.
В первую неделю Ливанской войны, 10 июня 1982 года, Локер (на тот момент штурман истребителя «F-4 Фантом» в звании капитана) оказался замешан в инциденте, повлёкшим гибель 24 военнослужащих Армии обороны Израиля, в ходе бомбардировки колонны бронетехники и сопровождающих её солдат пехоты, ошибочно принятых пилотом истребителя за отряд сирийской армии. Следственная комиссия под руководством бригадного генерала Рафи Хар-Лева постановила, что Локер предупредил пилота об ошибочности опознания колонны, но был вынужден подчиниться приказу пилота начать бомбардировку.
В дальнейшем Локер исполнял различные должности, в том числе был заместителем командира эскадрильи истребителей «F-4 Фантом», а в 1990 году был назначен личным секретарём Командующего ВВС Авиху Бин-Нуна.
В 1991 году возглавил 107-ю эскадрилью ВВС (ивр. ?), став первым в истории ВВС Израиля штурманом, возглавившим эскадрилью.
С 1994 года командовал отделением боя Оперативного департамента в Управлении воздушных операций ВВС (ивр. ?), в 1997 году был назначен главой Департамента планирования и организации (ивр. ???"??) Управления штаба ВВС (ивр. ?).
С 2001 по 2005 год Локер командовал базой ВВС «Хацерим», после чего возглавил Управление воздушных операций ВВС, а в 2008 году стал главой (ивр. ??"??) Управления штаба ВВС.
За всё время службы в ВВС Локер имеет на своём счету более 5000 часов времени налёта.
14 января 2010 года Локер был повышен в звании до генерал-майора и назначен Военным секретарём премьер-министра Израиля (ивр. ?), сменив на посту генерал-майора Меира Клифи.
В декабре 2011 года был назван вероятным кандидатом на пост Командующего ВВС Израиля после ухода с поста генерал-майора Идо Нехуштана, однако в феврале 2012 года было принято решение о назначении генерал-майора Амира Эшеля на эту должность.
За время службы Локер получил степень бакалавра Университета имени Бар-Илана (в области экономики и делового администрирования) и степень магистра делового администрирования Гарвардского университета.
Женат на Галит Локер, отец четырёх детей.
Младший брат Локера, Харъэль, был назначен генеральным директором Министерства премьер-министра Израиля в декабре 2011 года. Ещё один брат Локера, доктор Хаим Локер, ведёт практику хирурга-кардиолога в США.