С марта 1911 года на военной службе, в сухопутных войсках. Участвовал в Первой мировой войне.
После заключения Версальского мирного договора 1919 года оставлен в рейхсвере.
С марта 1938 года начальник штаба инспекции военных школ, с сентября 1939 года инспектор армии резерва по боевой подготовке.
1 августа 1940 года Фриснеру присваивается звание генерал-майора.
С 1 мая 1942 года командир 102-й пехотной дивизии, ведущей ожесточенные бои на Восточном фронте.
Получив 1 октября 1942 года звание генерал-лейтенанта, Фризнер вскоре назначается командиром 23-го армейского корпуса, которым прокомандовал с 19 января по 11 декабря 1943 года, после чего получил приказ возглавить 4-ю армию. С февраля 1944 года уже командовал армейской группой «Фризнер», действовавшей на территории Прибалтики.
1 апреля 1944 года Фриснер производится в звание генерала пехоты, 9 апреля награждается Дубовыми Листьями к Рыцарскому кресту.
1 июля Фриснеру присваивается очередное звание — генерал-полковник, за ним следует очередное назначение — командир Группы армий «Север» (16-я армия под командованием генерала Г. Хансена и 18-я армия под командованием генерала Герберта Лоха).
25 июля 1944 года Фриснер переводится на юг — командовать группой армий «Южная Украина», которая в сентябре того же года была преобразована в группу армий «Юг». На этом участке Восточного фронта части генерал-полковника отчаянно сопротивлялись продвижению советского 2-го Украинского фронта под командованием маршала Малиновского, но всё было тщетно, и в декабре 1944 года Фриснер был снят с поста командующего и отправлен в резерв. Гитлер резко критиковал неудачи Фриснера и его армий. До конца войны не назначался на командные должности.
В мае 1945 года арестован американскими военнослужащими, в ноябре 1947 года освобожден.
В 1951 году Фриснер избирается председателем «Комитета немецких солдат». В начале 1950-х годов принимал самое активное участие по консультированию в вопросах создания новой немецкой армии — Бундесвера.
В 1956 году опубликовал свои мемуары «Преданные сражения» (нем. Verratene Schlachten), (по идеологическим соображениям, это название перевели на русский как «Проигранные сражения»), которые были переведены на многие языки, в том числе на русский в 1966 году.
Скончался Йоханнес Фриснер 26 июня 1971 года в курортном баварском городке Бад-Райхенхалль