Йозеф Юнгман был шестым ребёнком в семье сапожника; родители готовили его к профессии священника. В 1788—1792 годах учился в гимназии, затем изучал философию и право, с 1799 года он — преподаватель в гимназии города Литомержице. В 1815 Юнгман переезжает в Прагу, где он состоит до 1845 года профессором чешского языка при Академической гимназии. В 1817 году Юнгман получает степень доктора по философии и праву, с 1827 по 1838 год он — декан философского факультета, с 1838 — ректор пражского Карлова университета.
Юнгман был убеждённым сторонником обновления чешского языка, в особенности письменного. Написал многие свои произведения на чешском. В 1805 году выходит в свет его перевод новеллы Ф.-Р.Шатобриана «Атала», чем учёный доказал ту истину, что и чешский язык полностью подходит для изложения на нём выдающихся художественных произведений. Позднее переводит на чешский язык произведения Дж. Мильтона, Гёте и Ф.Шиллера. В последующие годы учёный участвует в научной полемике о новой орфографии чешского языка, выпускает ряд статей на эту тему, из которых важнейшей была «Gespr?che ?ber die tschechische Sprache» (Беседы о чешском языке). В 1820 году выходит из печати написанная им «Slovesnost», учебник по стилистике, а в 1825 — его «История чешской литературы».
Наиболее значительным трудом Й.Юнгмана был 5-томный чешско-немецкий словарь. В нём учёный собрал не только различные словесные варианты начиная со времён средневековой Чехии, но и предпринимает попытки расширения словарного запаса современного чешского языка — в том числе путём словотворчества, заимствования из соседних, братских славянских языков.
Именем Йозефа Юнгмана в Праге, в Новом Месте, названа площадь (Jungmannovo n?m?st?). В 1878 году на ней в честь учёного был установлен памятник.