Начинал карьеру в волгоградском «Роторе». Затем выступал за «Торпедо-Викторию» и «КАМАЗ». Потом он вернулся в «Ротор» на 4 года. После были «Факел» и «Олимпия». В 2006 году он уехал в Латвию в «Вентспилс», где стал трёхкратным чемпионом страны. В 2009 году он вернулся в Россию, перейдя в «Аланию». Дебютировал за «Аланию» 28 марта 2009 года, в матче 1-го тура первого дивизиона чемпионата России, против астраханского клуба «Волгарь-Газпром-2». В том матче он вышел на замену и получил жёлтую карточку. 28 августа был отзаявлен. 23 декабря 2009 года было сообщено, что Дубенский подписал контракт с владивостокским клубом «Луч-Энергия». В 2011 году в зимнее межсезонье Захар подписал контракт с «Волгарём-Газпромом» сроком на 2,5 года.