Родился в селе Карача-Елга Уфимского уезда Уфимской губернии (ныне Кушнаренковского района Башкортостана).
В 1902 году окончил медресе «Мухаммадия» в Казани, в 1915 году Московский народный университет им. А. Л. Шанявского.
С 1916 года работал в органах народного образования и учебных заведениях в Уфе, с 1920 года преподавал в Уфимском институте народного образования, реорганизованном в 1929 году в Башкирский педагогический институт им. Тимирязева (с 1957 года — Башкирский государственный университет), где с 1931 по 1951 год был заведующим кафедрой башкирского языка и литературы. На преподавательской работе находился до 1968 года.
Автор учебников по географии Казанской и Уфимской губерний, а также программ, учебников, словарей башкирского языка. В 1924 году вышел его учебник «Уроки башкирского языка для русских», в 1934 году вышла вторая часть книги. Принимал участие в создании научной терминологии башкирского литературного языка, разработке башкирского алфавита и орфографии на основе русской графики.
Сын Шакирова, Мидхат Закирович, был первым секретарём Башкирского обкома КПСС (1969—1987).