Выходец из пуштунской семьи, мусульманин-суннит. В зрелом возрасте принял американское гражданство.
Окончил лицей Гази в Кабуле (1968). Получил дипломы бакалавра и магистра в Американском университете Бейрута (Ливан). Доктор философии Чикагского университета (1979).
Автор более чем 200 научных работ, в том числе книг «Боевые операции ВВС США на российской территории в ближайшие 15 лет», «Безопасность Юго-Западной Азии», соавтор книги «Правительство Аллаха: Исламская Республика Иран», научный консультант доклада «Оценивая упадок России: стратегические последствия для ВВС США».
С декабря 2001, одновременно, специальный представитель президента США по Афганистану. Сыграл значительную роль в приходе к власти в Афганистане президента Хамида Карзая, который наградил Халилзада медалью короля Гази Амануллы. Способствовал «пуштунизации» руководства Афганистана — продвижению на ключевые посты представителей пуштунской этнической группы.
В 2002-2003 занимался поддержанием контактов между администрацией США и иракской политической оппозицией в ранге специального представителя президента и посла по делам «свободных иракцев».
В 2003—2005 — посол США в Афганистане.
В 2005—2007 — посол США в Ираке. На этом посту выступил за активное вовлечение суннитской общины страны в политический процесс (в результате суннитские политические партии приняли участие в общенациональных выборах и получили представительство в органах власти, в том числе и в правительстве). По словам Кондолизы Райс,
Считает модернизацию Ближнего Востока самой насущной задачей нашего времени. В интервью немецкому журналу «Шпигель» заявил, что
По мнению аналитика вашингтонского Института мира Дэниела Серуэра, назначение Халилзада на пост постоянного представителя в ООН свидетельствует о том, что президент Буш стремится общий язык с самыми разными международными игроками: Это — сигнал о том, что США будут более внимательны к ООН и ожидают больше помощи от ООН. Без сильной дипломатической составной невозможно создать успешную иракскую стратегию.