Из-за ранней смерти родителей Зденек воспитывался в семье скульптора Карела Покорного (). Уже в 1929 году он участвует в конкурсе детского рисунка.
Первое образование Зденек Сейдл получил как печатник. Затем в 1941 году он заканчивает пражскую Высшую школу прикладного искусства (; класс профессора Франтишека Киселы). За годы обучения становится одним из основателей группы художников «Sedm v ??jnu» («Семь в октябре», 1939).
Для графических работ Сейдла военных лет характерны лапидарность рисунка, декоративная стилизация и сюжетная свобода. Военные впечатления нашли отражение в таких его произведениях, как «Furor teutonicus» («Тевтонский фурор», 1944), «Nad?lov?k» («Сверхчеловек», 1944) и др., в которых изображённое чёткими, выразительными линиями и густо положенными красками порой приобретает сатирическое, гротескное значение.
После окончания войны художник занимается преимущественно графикой, иллюстрированием литературы, работой над кукольными и рисованными мультфильмами: «Parapl??ko» («Маленький зонтик», 1957), «Lev a p?sni?ka» («Лев и песенка», 1959), «Bili?r» («Бильярд», 1961), «?patn? namalovan? slepice» («Плохо окрашенная курица», 1963). Был автором книг для детей:
Сейдл также работал художественным редактором в издательстве «Чехословацкий писатель» («»).
В течение многих лет З. Сейдл сотрудничал с пражским Национальным театром, в частности, ему принадлежат эскизы костюмов к балету Игоря Стравинского «Петрушка», за которые художник в 1967 году был удостоен серебряной медали на Международной квадриеннале сценографии и костюма в Праге. Выполненные им обложки и оформление книг Богумила Грабала относятся к лучшим работам в области чешской типографики. В 1960-е годы Зденек Сейдл вновь обратился к живописи.
Зденеку Сейдлу принадлежат также рисунки к пяти почтовым маркам Чехословакии с изображениями представителей фауны страны, которые были выпущены в 1955 году:
Был женат на актрисе Александре Мышковой (Alexandra My?kov?).