Зе Роберто начал тренироваться в спортивной школе клуба Португеза Деспортос. Хорошо зарекомендовав себя в роли опорника, отправился в Европу, В Мадридский Реал. Сумма Трансфера составила 21 млн.евро.
Из-за большой конкуренции в полузащите, Зе Роберто чаще сидел на скамейке запасных, лишь изредка выходя на поле. Всего в Мадриде провел 15 матчей (5 — в стартовом), не забив ни одного мяча.
После провального сезона в Европе, отправился на родину, во Фламенго. Из-за проблем с главным тренером, был выставлен на трансфер. Им всерьез интересовался Милан и Леверкузенский Байер. Бразилец сделал выбор в пользу немецкого клуба, заключив контракт на 5 лет. Он так прокомментировал свой переход:
Проведя в клубе 113 матчей (17 голов), стал звездой мирового уровня, и пред ним выстроились футбольные гранды, такие, как Милан, Ювентус, Бавария и Ливерпуль. Контракт бразильца истекал в июне 2003, но руководство клуба узнав, что он не рвется его продлевать, назначили его цену — 18.000.000 ?. В марте 2002 года, стало известно, что Мюнхенская команда выкупила права на футболиста.
В Мюнхене, он сразу закрепился в основе. Играл в роли атакующего полузащитника, либо вингера . В августе 2006 на аренды, перешел в бразильский Сантос. Соглашение действовало на 1 год. После аренды мало выходил на поле. В 2009 году, Зе Роберто заявил, что хочет сменить клуб.
В 2009 перешел в Гамбург, став самым высокооплачиваемым игроком команды. В дебютном Матче забил победный гол со штрафного удара.
10 июля 2011 года, Зе Роберто подписал двухлетний контракт с катарским клубом Аль-Гарафа.. 3 февраля 2012 года бразилец расторг контракт с командой из-за недовольства условиями жизни в Катаре.
На счету Зе Роберто 84 матча и 6 голов за сборную Бразилии. Летом 2007 года, перед началом Кубка Америки, объявил о завершении карьеры в сборной.