Убит в феврале 2004 года в Дохе, предположительно, в результате операции российских спецслужб.
Родился в Казахстане (выходец из тейпа Келой). Позже переехал в Чечено-Ингушскую АССР, в своё родовое селение Старые Атаги. В 17 лет начал работать разнорабочим и каменщиком. В 1972 году был призван на службу в армию. После демобилизации два года работал помощником бурильщика на буровой. Одновременно поступил на заочное отделение филологического(чеченский язык и литература) факультета Чечено-Ингушского государственного университета, который окончил в 1981 году.
После окончания университета работал корректором, а затем начальником производственного отдела Чечено-ингушского книжного издательства.
В 1985—1986 годах занимал должность председателя Комитета пропаганды художественной литературы Союза писателей СССР. В период перестройки занялся общественно-политической деятельностью. С 1989 года работал литературным консультантом в Союзе писателей ЧИАССР, с этого же времени являлся председателем политической организации чеченского общества «Барт» («Согласие»).
Был женат, имел 5 детей: три дочери и два сына. Старший сын погиб под колесами автомобиля в конце восьмидесятых в районе 18 школы. Младший Дауд получил ранения во время покушения в Катаре.
На момент знакомства с Джохаром Дудаевым возглавлял Вайнахскую демократическую партию.
Ещё в советские годы начал заниматься литературной деятельностью (стихи, проза, драматургия), продолжил её и после провозглашения ЧРИ, занимая руководящие посты и являясь одним из основных идеологов сепаратизма.
В период 1981—1983 годах издал первые два сборника стихов «Сажайте, люди, деревца» (1981), «Знаки зодиака» (1983) и повесть «Время расплаты» (1983). В это же время стал членом и руководителем литературного кружка «Пхьармат» («Прометей») в Грозном, где, по его словам, «писал стихи на вайнахском языке, что само по себе уже было явлением антисоветским».
В 1984 году вступил в Союз писателей ЧИАССР, в 1985 году — в Союз писателей СССР. В 1986 году был назначен главным редактором детского журнала «Радуга». В этом же году вышел сборник его стихов «Сыграйте мелодию», а в местном драмтеатре состоялась премьера его пьесы «Не приведи Господь».
В 1987—1989 годах учился в Москве на Высших литературных курсах при Литературном институте имени Горького. В 1990 году был опубликован четвёртый сборник его стихов «Жизнь права».
В 1996 во Львове была издана книга его мемуаров «Чечения — битва за свободу» . В 1997 году в дагестанском книжном издательстве «Юпитер» вышла пятая книга его стихотворений «Письмена на грани жизни» (чеч. «Зил тІера йозанаш»).
Другие книги Яндарбиева, изданные в различные годы или неизданные: «В преддверии независимости», «Джихад и проблемы современного мира» (Габала, 2000), «Чей Халифат?» (Габала, 2001), «Истинный лик терроризма» (2003), поэтические сборники «Баллада о Джихаде» (2003), «Галерея памяти» (2004).
В мае 1990 года организовал и возглавил Вайнахскую демократическую партию (ВДП), целью которой было «создание независимого демократического государства». После образования Общенационального конгресса чеченского народа (ОКЧН) в ноябре 1990 года стал заместителем Председателя исполкома ОКЧН (председателем был избран Джохар Дудаев).
В 1991—1993 годах был депутатом парламента ЧРИ первого созыва, возглавлял Комитет по СМИ и свободе слова. Выступал как последовательный и жесткий сторонник независимости Чечни от Российской Федерации.
В 1992 году возглавил делегацию парламента Ичкерии на переговорах с делегацией Верховного совета РСФСР. В 1992 году совершил первый хадж в Мекку.
В апреле 1993 года поддержал решения президента Джохара Дудаева о роспуске парламента, конституционного суда ЧРИ и Грозненского городского собрания. Сергей Шахрай, в 1993—1994 годах министр по делам национальностей и региональной политики России, будучи в гостях на популярной радиостанции вспоминал об этом следующее:
17 апреля 1993 года указом Дудаева назначен вице-президентом Ичкерии, занимался в основном идеологическими вопросами. В должности вице-президента посещал Литву и Грузию.
1 октября 1993 года на него было совершено покушение — когда Яндарбиев выходил из машины возле своего дома, неизвестные выпустили в него две гранаты из подствольного гранатомёта, но никто при этом не пострадал.
Во время Первой чеченской войны принимал участие в боевых действиях на стороне сепаратистов, в середине января 1995 года руководил обороной центральной части Грозного.
22 апреля 1996 года, будучи вице-президентом ЧРИ, в связи с гибелью Джохара Дудаева стал исполняющим обязанности президента и верховным главнокомандующим вооружёнными силами ЧРИ.
28 мая 1996 года возглавлял чеченскую делегацию на переговорах в Москве (российскую сторону возглавлял Борис Ельцин). В результате переговоров было подписано соглашение «О прекращении боевых действий в Чечне с 1 июня» (вскоре соглашение было нарушено обеими сторонами).
В начале августа 1996 года под политическим руководством Яндарбиева боевики осуществили штурм Грозного. 16 августа 1996 года Яндарбиев и секретарь Совета безопасности РФ генерал Александр Лебедь объявили о создании наблюдательной комиссии для контроля за выполнением условий прекращения огня.
3 октября 1996 года возглавлял чеченскую делегацию на очередных переговорах в Москве (российскую делегацию возглавлял Виктор Черномырдин).
После избрания в 1997 году президентом ЧРИ Аслана Масхадова примкнул к национал-радикальному крылу оппозиции, которое возглавлял Салман Радуев. Позже поддерживал оппозиционный Совет командующих, созданный Шамилем Басаевым и его сторонниками. Критиковал Масхадова за мягкость в отношениях с Россией и нежелание в полной мере вводить в Чечне шариат.
Считался одним из идеологов вторжения исламских боевиков в Дагестан в августе 1999 года. В октябре того же года был назначен Масхадовым его личным посланником и полномочным представителем Ичкерии в мусульманских странах.
В январе 2000 года был дополнительно назначен представителем ЧРИ в Афганистане. Сумел договориться с лидерами движения Талибан об официальном признании Афганистаном суверенитета ЧРИ.
По собственному утверждению (на 2001 год) был в Афганистане «всего два раза», «в общей сложности 10 дней»: 1-й раз в ноябре 1999 года, во второй — прибыл в Афганистан в январе 2000 года, «Тогда мы с талибами подписали договор о взаимном признании, открыли посольство в Кабуле и консульство в Кандагаре… На всех документах моя подпись и подпись афганского министра иностранных дел Ахмада Мутаваккиля. С Бен Ладеном я не встречался, он не мог меня принять, так как я торопился в Иран и Пакистан. Я встречался с остальным руководством Афганистана, дважды с муллой Омаром».
Некоторое время жил в Объединенных Арабских Эмиратах, но большую часть времени ездил по разным странам Ближнего Востока, пытаясь найти политическую поддержку для сепаратистов: «Я занимаюсь политикой… как бывший президент и представитель моджахедов».
С 9 октября 2001 года объявлен в международный розыск по линии Интерпола наряду с другими сепаратистами и криминальными деятелями: Масхадовым, Закаевым, Нухаевым.
31 октября 2002 года против Яндарбиева было возбуждено уголовное дело по статьям: участие в вооружённом мятеже, участие в незаконном вооружённом формировании и покушение на жизнь сотрудников правоохранительных органов.
11 ноября 2002 года подал в отставку со всех официальных должностей в связи с несогласием со внешнеполитическим курсом ЧРИ (в частности, с осуждением захвата заложников в Москве 23-26 октября, которое высказал Масхадов ). С 2003 года постоянно проживал в Катаре, где был объявлен личным гостем эмира.
В июне 2003 года комитет Совета безопасности ООН по санкциям в отношении талибов, организации «Аль-Каида» включил Яндарбиева в список лиц, подлежащих санкциям. Данное решение обязывало всех участников ООН незамедлительно блокировать его счета и другие имущественные средства, не допускать въезда на свою территорию или транзита через неё и исключить оказание ему какой-либо материальной помощи или поддержки. Представитель МИД РФ отметил: «Мы рассматриваем этот шаг как реальный вклад в укрепление широкой международной солидарности в борьбе с террористической угрозой… Международное сообщество официально подтвердило прямую связь одного из главарей чеченских террористов с авангардом международного терроризма».
13 февраля 2004 года Яндарбиев был убит в результате подрыва его автомобиля, когда он возвращался домой после пятничной молитвы в центральной мечети Дохи. Взрывное устройство было заложено под днище его личного джипа. В момент взрыва вместе с Яндарбиевым в салоне автомобиля находились его 13-летний сын Дауд (получил тяжелые ожоги) и два охранника.
По обвинению в организации этой акции были арестованы и приговорены к пожизненному тюремному заключению два сотрудника российского посольства, известные как Анатолий Белашков и Василий Богачев (Бочков по другим источникам), хотя, возможно, это вымышленные имена. Глава МИД РФ Игорь Иванов заявил, что задержанные российские граждане, находившиеся в командировке в посольстве России в Катаре, являются сотрудниками спецслужб и выполняли задачи информационно-аналитического характера, связанные с противодействием международному терроризму.
Выйти на их след удалось благодаря свидетелям, заметившим возле мечети автофургон. Полиция нашла службу проката автомобилей в аэропорту Дохи, где был арендован это автофургон, а видеокамеры зафиксировали облик клиентов. Был также проведён мониторинг телефонных разговоров подозреваемых по сотовым телефонам, зарегистрированным на имена двух европейцев. Оба 35-летних россиянина не имели дипломатического иммунитета. Их арестовали на вилле, снятой российским дипломатом, но не имеющей дипломатического статуса, через несколько дней после взрыва. Третьего подозреваемого, первого секретаря посольства России в Дохе Александра Фетисова, спас его официальный статус в посольстве. Позднее он был объявлен персоной нон грата и покинул Катар. За месяц до теракта подозреваемых отправили в Катар как временных сотрудников посольства. В ходе следствия подозреваемые признали себя сотрудниками спецслужб и сообщили, что взрывное устройство, которое они подложили под джип Яндарбиева, было нелегально переправлено на дипломатической машине в Катар из Саудовской Аравии, куда его прислали из Москвы в мешке с дипломатической почтой.
26 февраля 2004 года в тот же день, когда власти Катара арестовали сотрудников российских спецслужб, в Москве в аэропорту «Шереметьево-2» были задержаны летевшие из Белоруссии в Белград на отборочный предолимпийский турнир по греко-римской борьбе граждане Катара борец Ибад Ахмедов, его тренер Александр Дубовский (известный в Катаре под именем Ибрагим Ахмед) и член совета Национальной федерации борьбы Катара Насер Ибрагим Мидахи. Предлогом послужил провоз незадекларированной валюты в размере 7,2 тыс. доларов США. При этом сотрудники ФСБ заявили, что задержанные по описанию похожи на террористов, взорвавших 6 февраля 2004 года поезд метро в Москве. Дубовский был отпущен практически сразу. А освобождение катарских борцов произошло 23 марта буквально через несколько часов после телефонного разговора президента РФ Владимира Путина с эмиром Катара шейхом Хамадом бен Халифой аль-Тани, состоявшегося в ночь с 22 на 23 марта 2004 года. Считается, что именно тогда стороны договорились о дальнейшей судьбе арестованных сотрудников российских спецслужб и первого секретаря посольства Александра Афанасьева.
В конце 2004 года МИД России удалось добиться экстрадиции осуждённых в РФ в рамках соглашения о передаче осужденных для отбывания наказания в России; 23 декабря 2004 года они прибыли в Россию и были встречены с воинскими почестями. Их дальнейшая судьба неизвестна; по словам руководителя Федеральной службы исполнения наказаний Ю. Калинина, он не располагает данными об их местонахождении.
В 2011 году «Коммерсант» отмечал, что «защитой двух сотрудников российских спецслужб в Катаре» занималось российское адвокатское бюро «Егоров, Пугинский, Афанасьев и партнеры» (EPA&P): «В 2004 году они были признаны катарским судом виновными в убийстве чеченского лидера Зелимхана Яндарбиева, но вскоре вернулись в Россию». Павел Кудюкин отмечал настойчивость, «которая была проявлена в переговорах с Катаром по возвращению в Россию „ликвидаторов“ Зелимхана Яндарбиева». «Независимая газета» (2011.09.09) отмечала ликвидаторов, как «агентов ГРУ». «Анатолий Белашков и Василий Богачев, офицеры ГРУ Минобороны, взорвали в Катаре бывшего президента Чечни Зелимхана Яндарбиева и его 13-летнего сына. ГРУшников поймали и приговорили пожизненному заключению. Потом их выдали России, где в аэропорту на трапе для них была расстелена ковровая дорожка, а сами они были встречены с воинскими почестями. Для того, чтобы кортеж мог беспрепятственно добраться до центра города, было перекрыто движение по Киевскому шоссе», — писал Матвей Ганапольский в 2011 году.
Существуют также другие версии убийства Яндарбиева: кровная месть или конфликты между самими сепаратистами из-за контроля над финансовыми потоками.