Родился в бедной крестьянской семье. Окончил гимназию в Магдебурге в 1572 году, учился в университетах Хельмштедта и Лейпцига. В 1582 году стал директором музыкальной школы в Пфёртене (сейчас деревня Броды в Польше). В 1594 году переехал в Лейпциг, где до конца жизни работал кантором хора церкви святого Фомы и учителем в школе при церкви, отказываясь от предложений нескольких университетов занять кафедру математики.
Основной научный труд Кальвизия в области астрономии — хронологические таблицы, сопоставляющие по времени события из истории различных народов древности на основании сведений о более чем 300 затмениях: «Opus chronologicum…» (1605).
В ходе работы над таблицами Кальвизий советовался со Скалигером, который, в свою очередь, использовал расчеты Кальвизия в своих работах. К астрономическим и хронологическим наблюдениям Кальвизия имеет прямое отношение также предложенная им реформа григорианского календаря. В круг общения Кальвизия входили ведущие немецкие учёные, в том числе Иоганн Кеплер, Михаэль Преториус, Барифон, Николаус Генгенбах, Иоганн Липпий (был его учеником).
Главный музыкально-теоретический труд Кальвизия — «Мелопея» (1592), в центре которого хорошо спланированное и ясно изложенное учение о музыкальной композиции (с опорой на авторитет Дж. Царлино). Тщательно разрабатывал проблему взаимодействия музыки и слова («музыкальная поэтика», musica poetica), внёс вклад в музыкальную риторику, предпочитал вокальную музыку инструментальной. Три трактата-«упражнения» (exercitationes) имеют выраженный дидактический характер: они затрагивают различные аспекты базовой теории музыки (ритмика и музыкальная нотация, лады, теория сольмизации). Второе «Упражнение» представляет собой краткий курс истории музыки.
Композиторское наследие Кальвизия включает исключительно хоровую церковную музыку: гимны (на латинские и немецкие тексты), каноны, мотеты, 3-голосные обработки немецких духовных песен (т.наз tricinia), протестантских хоралов, в т.ч. всей (лютеровской) Псалтири.