Автор спорных концепций по истории Азербайджана, Армении и Нагорного Карабаха, которые ряд специалистов характеризует как ревизионистские или фальсификационные.
Зия Буниятов родился 24 декабря 1921 года в городе Астара в семье ветерана Первой мировой войны и военного переводчика Мусы Мовсум оглы Буниятова (1895—1961), происходившего из знаменитого и уважаемого рода бибиэйбатских учёных шейхов и Раисы Михайловны Гусаковой, принадлежавшая к роду русских старопоселенцев в Азербайджане. С детства Буниятов знал как азербайджанский, также и русский языки, а также владел арабским языком Корана, которому его научил отец. После окончания десяти классов (1939) он поступил в Бакинское пехотное училище, которое окончил в мае 1941 года в звании лейтенанта, получив также назначение командиром стрелкового взвода в Бендеры (Молдавия).
На фронтах Великой Отечественной войны с августа 1942 года. Принимал активное участие в битвах за Украину, Молдавию, Кавказ (в боях за Моздок и Туапсе), Белоруссию и Польшу. В боях проявил храбрость, в одном из них, пробиваясь через линию фронта, он вынес из окружения полковое знамя. В оборонительном сражении в предгориях Кавказа Зия Буниятов командовал ротой из 120 бойцов, в состав которой также входили 50 матросов Волжской флотилии из Саратова. В ходе одного из боёв 17 человек из его роты уничтожили 15 единиц бронетехники противника, причём сам Зия получил осколочное ранение в голову. Во время Туапсинской операции лейтенант Буниятов получил ранение в ногу и после лечения в госпитале попал в Таганрог. Газета «Красная звезда» в 1942 году писала о нём: «Стремительный, как тигр, разведчик Зия Буниятов в невероятных условиях мог принести точные данные о численности, вооружении и дислокации противника».
Повздорив с командованием, Буниятов был направлен в штрафную роту. В январе 1945 года его вызвал к себе комдив и предложил стать командиром штрафной роты. Капитан Буниятов был назначен командиром 123-й штрафной роты (5-я ударная армия, 1-й Белорусский фронт). 14 января в ходе Висло-Одерской операции в бою у селения Пальчек рота под командованием капитана Буниятова захватила заминированный мост через реку Пилица и в течение нескольких часов удерживала его до подхода основных сил. В бою было уничтожено 100 солдат противника, 45 было взято в плен. Захвачено 5 шестиствольных миномётов и 3 артиллерийских орудия. Из 670 солдат роты в живых осталось 47 человек. Буниятов позже вспоминал:
Подвиг Зии Буниятова в официальных документах описывается так:
В результате выполненной ротой задачи, советские войска вышли на оперативный простор в междуречье Вислы и Одера и вскоре придвинулись на расстояние около 90 км от Берлина. Звание Героя Советского Союза Буниятову было присвоено 27 февраля 1945 года. В марте того же года он стал членом ВКП(б). Во время боёв за Берлин, Буниятов спасал мирных жителей, прятавшихся в метро, когда его туннели были затоплены отступавшими нацистами. К моменту капитулиции Германии Зия Буниятов с боями дошёл до района Силезского вокзала, причём из семисот бойцов его роты в строю остались лишь семеро. За доблесть и героизм, проявленный в ходе штурма Зееловских высот, Зия Буниятов был награждён орденом Красного Знамени. За годы войны Зия Буниятов был несколько раз ранен и контужен, но всегда возвращался в строй. Один осколок ему удалили спустя 30 лет после ранения. Последствия ранений Буниятова мучили многие годы, а от приступов головных болей он избавиться так и не смог.
С мая 1945 по май 1946 года Буниятов работал помощником военного коменданта района Панков Берлина, где заслужил добрую память немцев как администратор, способствовавший нормализации хозяйственной и культурной жизни в разрушенном городе. В 1946 году подполковник Буниятов уволился в запас. В 1950 году он окончил Московский институт востоковедения, а в 1954 году аспирантуру МГУ. В мае 1954 года он защитил кандидатскую диссертацию на тему «Итальянский империализм в Африке», а уже в августе поступил на работу в Институт Истории АН Азербайджанской ССР в должности старшего научного сотрудника. В 1964 году защитил докторскую диссертацию на тему «Азербайджан в VII—IX вв.», которая годом позже подверглась масштабной критике со стороны советских историков, поскольку ставила под сомнение историческую традицию армянской государственности на Кавказе. В 1965 году высшей аттестационной комиссией при Министерстве высшего и среднего специального образования СССР ему было присвоено звание профессора, а в 1966 году был избран членом-корреспондентом Академии наук Азербайджанской ССР. В 1969 году был избран академиком Академии наук АзССР и назначен директором Института народов Ближнего и Среднего Востока Академии наук АзССР. В 1976 году он стал действительным членом Академии наук АзССР, а с 1990 года — вице-президентом. С 1980 года Зия Буниятов — член Главной редакции Азербайджанской советской энциклопедии.
В 1953 году Зия Буниятов не допустил исключения из комсомола журналиста Юлиана Семенова, ставшего впоследствии известным писателем. Семенова собирались наказать за то, что у него был родственник, проходивший по «делу врачей». Узнав о награждении Л. И. Брежнева в третий раз Золотой Звездой Героя Советского Союза, Зия Буниятов выступил с протестом. Буниятов заявил, что такая иррациональная раздача наград приводит к девальвации высокого звания. Этот демарш Буниятова привёл к разбирательству по партийной линии, однако в в конце концов дело было замято.
Принимал участие в работе Комитета по спасению Аральского моря в конце 1980-х годов. В 1990 годах Буниятов избирался депутатом парламента Азербайджана, был заместителем председателя правящей партии «Ени Азербайджан».
Согласно Сахарову, был известен своими антиармянскими националистическими выступлениями. С началом 90-х в азербайджанской периодике и научной печати с подачи академика З. Буниятова деятельность «26-ти Бакинских комиссаров» стала рассматриваться как заговор армянских националистов и их приспешников против Азербайджанской Демократической Республики.
Буниятов настаивал на том, чтобы беженцы азербайджанцы из Армении переселялись только в НКАО. При этом он считал, что после этого возникнет противостояние с армянами, пусть с даже с жертвами с обеих сторон, это позволит утихомирить армян.
В 1997 году был застрелен в блоке собственного дома в Баку. Согласно официальной версии, убийство было организовано членами бакинского филиала «Хезболлах», которые объявили Буниятова членом израильской спецслужбы Мосад и в том, что он распространял сионизм в Азербайджане. За убийство Буниятова были осуждены несколько человек. Именем Буниятова назван проспект в городе Баку.
Грузинский истoрик Г.Берадзе утверждает, что Буниятов присвоил работу известного индийского ориенталиста Хади Хасана о Фалаки Ширвани.
Согласно данным британского журналиста Томаса де Ваала, со ссылкой на американского историка Роберта Хьюсена, Буниятов в 1960 и 1964 годах опубликовал две статьи (предисловие и комментарии к «Албанской Хронике» Мхитара Гоша и «О хронологическом несоответствии глав „Истории Агван“ Моисея Каганкацваци»), которые являлись плагиатом (переводом без указания авторства) статей двух американских учёных: C. F. J. Dowsett «The Albanian Chronicle of Mxitar Gosh»(1958) и Robert Hewsen, «On the Chronology of Movses Dasxuranc’I», (1954). Следует отметить, что Буниатов в своем предисловии к «Албанской хронике» указывает, что текст самой хроники Гоша является переводом английского издания Даусетта, а также дает ссылки на это издание, при этом предисловие и комментарии указаны как авторские.
А. Г. Маргарян, анализируя издание Буниятовым «Албанской Хроники», также утверждает, что в предисловии и комментариях имеются повторения положений Даусетта, зачастую дословно и при этом с ошибками в переводе. Так, согласно Маргаряну, Буниятов перевел с английского на русский, «Whit Sunday» (День Святой Троицы) как «белое воскресенье» (White Sunday), буквально написав: «27 Тре 588 г. Армянской эры — Белое Воскресение 11 июня 1139 г. н. э.». Название же книги армянского автора XII века Давида «Книга канонов» (Book of canons) он перевел как «Книга об орудиях» (Book of cannons). При этом, как отмечает Маргарян, Буниятов выкинул все выражения со словами «Армения, армянский» из английского текста.
Систематическое «вычищение» Буниятовым упоминаний об армянах и замену их «албанами» отмечает также американский историк Джордж Бурнутян, согласно которому, в «путешествии» Шильтбергера «Буниатов смело опустил главы 63 — 66 рукописи, всего приблизительно двадцать страниц, относящихся к Армении и армянам, и частично изменил текст, который он опубликовал в своем издании».
Согласно Бурнутяну, после 1988 года, когда армяне Нагорного Карабаха заявили о своем желании выйти из состава Азербайджана, ряд азербайджанских ученых во главе с Буниятовым, оправдывая претензии азербайджанского руководства, стал доказывать, что армяне прибыли в Нагорный Карабах только в 1828 году. Поскольку первоисточники на азербайджанском языке отсутствовали, от армянских источников эти ученые очевидно отказывались, то Буниятов с коллегами вынуждены были использовать персидские, русские и арабские первоисточники. Однако они обнаружили, что большое количество античных и средневековых первоисточникав не только на персидском, арабском и русском языке, но и также на греческом, римском, немецком и английском языках указывают, что армяне составляли большинство населения Карабаха и до 1828 года. Наибольшее раздражение у Буниятов с коллегами вызывал тот факт, что и мусульманские первоисточники по Закавказью, проживавшие на территории нынешнего Азербайджана, такие как Аббас Кули Бакиханов, именем которого назван институт истории академии наук Азербайджана, и Мирза Адигозал Бек, также четко отмечают сильное армянское присутствие в Карабахе до 1828 года. Для нейтрализации этого факта Буниятов с коллегами, пренебрегая академической добросовестностью, занялись переизданиями средневековых первоисточников, в которых сведения об армянах были удалены. Первый акт этой дезинформации наступил в 1989 году, когда Буниятовым были издана «Краткая история страны Албанской» Есаи Гасан-Джалаляна. Для легитимизации этого перевода Буниятов заявил, что воспользовался уже готовым переводом на русский язык покойного к тому времени армянского ученого Тиграна Тер-Григоряна, который работал в институте истории в Баку. Согласно Буниятову эта работа Тер-Григоряна, написанная в 1940 году, по непонятной причине не была опубликована. Бурнутян отмечает, что если сопоставить оригинальный армянский текст книги «Краткая история страны Албанской» с редакцией Буниятова, то получается что Тер-Григорян на 50 лет «таинственным образом» предвосхитил споры по вопросу Карабаха и азербайджанские претензии, однако более вероятно, что сам Буниятов, изменил текст перевода в угоду интересам государства.
В предисловии к книге «Two chronicles on the history of Karabagh» профессор Калифорнийского университета, Барлоу Тер-Мурдечиан, также отмечает многочисленные искажения Буниятовым исходных текстов историков Мирзы Джамала и Мирзы Адигозал-Бека
В искажении перевода книги Бакиханова «Гюлистан-и Ирам» и фальсификации истории Буниятова обвиняют также Виллем Флор и Хасан Джавади:
Примеры искажения цитат в работах Буниятова приводят и историки из Армении.
В искажении источников (изъятиях фрагментов, касающихся армян, замене «армян» на «албанцев» и пр.), обвиняет Буниятова и российский историк и этнограф В. А. Шнирельман.
Шнирельман обвиняет Буниятова также в разработке ревизионистских, националистически и политически мотивированных концепций истории Азербайджана (особенно древней Албании) и Армении, считая одним из основоположников этого направления азербайджанской историографии (см. фальсификации истории Кавказской Албании в Азербайджане). В этих вопросах Шнирельман солидаризируется с армянскими учёными, подвергающими Буниятова жесткой критике..
Как отмечает Шнирельман, в вышедшей в 1965 г. книге Буниятова («Азербайджан в VII—IX веках») впервые был последовательно проведен прием, который стал «излюбленным занятием азербайджанских авторов» — именно, переименование армянских средневековых политических деятелей, историков и писателей, живших и творивших в Карабахе, в албан. В этой книге, посвященной событиям арабского времени в Кавказской Албании, последняя уже прямо именуется Азербайджаном. Буниятов нарисовал в ней «фантастическую» (по выражению Шнирельмана) картину уничтожения армянами якобы богатой албанской литературы, с тех пор ставшую аксиоматичной в азербайджанской историографии. В историографическом споре о древней принадлежности Нагорного Карабаха, Буниятов, по словам Шнирельмана, прибегал к следующим приемам: «во-первых, сильно омолаживал процесс арменизации Нагорного Карабаха, относя его едва ли не к XII в., а во-вторых, следуя уже установившейся в Азербайджане тенденции, делал акцент не на языке, а на культурных традициях, и заявлял, что Арцах никогда не принадлежал к центрам армянской культуры. (…) Позднее Буниятов целенаправленно пытался „очистить“ и другие земли современного Азербайджана от армянской истории. Одновременно Буниятов стремился пересмотреть историю Армении, и утверждал, что со времен Тиграна Великого у армян никогда не было ни политической, ни экономической независимости, и высмеивал стремление армянских историков объявить царство Багратидов независимым государством. Естественно, армянские специалисты не могли трактовать это иначе, как „искажение истории армянского народа“, и усматривали в этом тревожный симптом — поворот азербайджанской науки к традициям антиармянской турецкой историографии.» Среди прочего, говоря о населенной в средние века армянами Нахичевани, Буниятов «объявил Нахичевань исключительно азербайджанским городом на том основании, что в XII в. атабеки временами устраивали там свою резиденцию. Правда, он же отмечал местоположение Нахичевани в пограничной области, где сказывалось влияние „иноверцев-христиан“. О том, что эти христиане были армянами, он старательно умалчивал». Когда в 1975 г. была снесена почитаемая армянами церковь Сурб Еррордутюн (Святой Троицы), где по преданию в 705 г. арабами были заживо сожжены армянские князья, «Буниятов начал отстаивать идею о том, что указанное событие произошло вовсе не в Нахичевани на р. Араксе, а на нынешней территории Северо-Восточной Турции, где о