Первоначальной специальностью де Моргана была египтология. С 1892 по 1897 годы он возглавлял Агентство египетских древностей, учреждённое Мариеттом и Масперо. С конца XIX века работает на территории Российской империи, руководит раскопками в Ахтале и Алаверди.
В начале XX века де Моргану удалось убедить персидского шаха даровать французам монополию на раскопки в пределах Ирана. Его самым крупным достижением стало археологическое исследование Суз, где, помимо прочего, был им обнаружен знаменитый свод законов Хаммурапи.