21 декабря 1773 года Жан-Батист Эбле поступил канониром в артиллерийский полк. Боевое крещение он получил в 1782 году, участвуя в обороне Женевы от сардинских войск. К октябрю 1785 года сумел дослужиться до чина 3-го лейтенанта. Перед началом Революции был послан в Неаполь для организации артиллерии. Узнав о создании первой антифранцузской коалиции, Эбле поспешил на родину, отказавшись от щедрых посулов и заманчивых предложений со стороны неаполитанского правительства. Поступив в армию генерала Дюмурье, он отличился в сражениях при Гондшооте, Дюнкирхене и Ваттиньи. 18 мая 1792 года он получил звание капитана.
В 1792—1795 годах Эбле воевал в составе Арденнской и Северной армий. С 26 августа 1793 года исполнял обязанности командира батальона 6-го артиллерийского полка. За отвагу и лидерские качества 29 сентября 1793 года Эбле был произведён в бригадные генералы. С 10 октября того же года он занимал пост директора артиллерийских парков Северной армии. 21 ноября 1794 года был назначен генерал-инспектором артиллерии. В 1795 году воевал в составе Армии Голландии и во многом своими решительными действиями способствовал завоеванию французами этой страны. С 6 сентября 1795 года заведовал артиллерийскими парками Антверпена. С 19 апреля 1796 по 3 июля 1797 года Эбле командовал артиллерией Рейнско-Мозельской (генерала Моро), с 25 ноября 1795 года Римской, а с 23 июля 1799 года Альпийской армии. 20 декабря 1799 года ему была подчинена вся артиллерия резервного корпуса Рейнской армии.
29 декабря 1801 года Эбле был введён в состав Чрезвычайного совета по делам артиллерии. С 22 июня 1803 года он, находясь в Германии, командовал артиллерией различных крупных соединений. 30 августа 1805 года ему было поручено возглавить артиллерию 1-го корпуса маршала Ж. Бернадота.
17 ноября 1805 года Эбле был назначен губернатором Магдебурга. С февраля 1808 года находился в командировке в Северной Франции, где проводил ревизию состояния укреплений. В феврале — марте 1808 года командовал 3-й вестфальской дивизией в Магдебурге. С сентября 1808 по 20 января 1810 года Жан-Батист Эбле занимал должность военного министра королевства Вестфалии.
15 июня 1809 года вестфальский король Жером Бонапарт назначил его генерал-полковником своей гвардии, а 28 августа сделал его камергером двора. 14 марта 1810 года Эбле был отозван в Париж и введён в Артиллерийский комитет. 26 апреля 1810 года генерала перевели в Португальскую армию командующим артиллерией. Под огнем его пушек рушились стены испанских крепостей: Сьюдад-Родриго и Алмейде. По приказу маршала Массена Эбле возводит превосходные мосты через Тахо и, тем самым, позволяет обезопасить коммуникации французской армии. 13 марта 1811 года генерал Эбле вернулся в Париж. 23 ноября того же года его вновь направили в Германию в должности командующего артиллерией. 7 февраля 1812 года Эбле получил должность, которая сыграла роковую роль в его жизни. В преддверии Русского похода его сделали главным начальником строительства и понтонов Великой армии.
В ходе кампании в России Жан-Батист Эбле и его подчиненные безупречно справлялись со своими профессиональными обязанностями, позволяя частям Великой армии безостановочно преследовать русскую армию, сжигавшую за собой все мосты. Однако настоящий подвиг французские понтонеры и их командиры совершили на Березине. При отступлении, Наполеон распорядился уничтожать все, что невозможно было эвакуировать, чтобы лишить русскую армию военных трофеев. Эбле получил приказ «избавиться» от своего понтонного парка, но храбрый генерал отказался исполнять волю императора, и его неповиновение спасло армию. К Березине он привел две походные кузницы, две повозки с углем и шесть — с инструментами. 100 отчаянных понтонеров, используя эти запасы, сознательно жертвуя собой, вошли в ледяную воду и за ночь навели три моста. Сплошным потоком по эти переправам двинулись войска. Мосты рушились, но их неизменно восстанавливали, отбивая при этом атаки наседавшего противника. Эбле неотлучно находился у мостов, воодушевляя своих самоотверженных солдат.
Березинская переправа и суровая зима 1812 года подорвали силы и здоровье Эбле. 18 декабря Наполеон назначил его главнокомандующим артиллерией Великой армии, но эту должность бесстрашному Понтонеру довелось занимать всего лишь 12 дней. 31 декабря 1812 года Жан-Батист Эбле скончался от истощения и переохлаждения. Уже после смерти генерала, декретом от 2 января 1813 года французский император подтвердил его назначение 1-м генерал-инспектором артиллерии, а 8 января 1813 года — получение им титула графа.