В 1404 году он был назначен капитан-генералом Лангендока и Гиени. В том же году он атаковал англичан в Лимузене, где захватил крепости Сен-Пьер и Сен-Мари.
В борьбе между арманьяками и бургильонами Жан первоначально был сторонником бургундского герцога Жана Бесстрашного. Однако после убийства герцога Людовика I Орлеанского Жан сблизился с Арманьяками, став одним из лидеров партии и непримиримым противником герцога Бургундии.
В 1411 году Жан на какое-то время потерял Клермон-ан-Бовези, захваченный бургундцами.
После подписания в 1412 году мирного договора в Осере между враждующими партиями, Жан очистил Иль-де-Франс от банд бригандов, а также отвоевал у англичан город Субиз.
После возобновления борьбы между арманьяками и бургильонами в 1414 году Жан участвовал во взятии Компьена и Нойона. При взятии Суассона он был ранен стрелой в ногу, после чего приказал вырезать гарнизон города и повесить губернатора. Далее, преследуя армию Жана Бесстрашного до Артуа, он осадил сначала Бапом, затем Аррас.
Междоусобная война была прервана вторжением английской армии в 1415 году пол командованием короля Англии Генриха V. Навстречу ей выступила спешно собранная армия под командованием коннетабля Карла д'Альбре. Армии встретились 25 октября 1415 года около деревни Азенкур. В разгоревшейся Жан де Бурбон был одним из командиров авангарда. битве при Азенкуре закончилась разгромом французской армии, коннетабль и огромное количество рыцарей погибли, многие попали в плен. В числе пленных оказался и Жан. Он был отправлен в Англию где и прожил до смерти.
Жена: с 21 июня 1401 года Мария Беррийская (1367—1434), герцогиня Оверни и графиня де Монпансье с 1416, дочь Жана, герцога Беррийского.
Кроме того, Жан имел несколько незаконнорожденных детей:
Жан II является одним из действующих лиц в исторической хронике Вильяма Шекспира Генрих V.