Жан сохранил фамилию своей матери — Шалон. Его потомки были графами Бургундии, Осера, Тоннера, сеньорами Шалон-Арлей, а позже — принцами Оранскими и графами Шалон-Осер.
После смерти матери, Жан унаследовал графство Шалон. Ещё до получения инвеституры на графство Жан был вынужден улаживать конфликт с аббатством Клюни. В 1232 году он усмирил бунт мясников в Шалоне, даровав право на продажу мяса в городе всем, кто в это хочет делать. За свои взвешенные решения в политике он заслужил прозвище Мудрый.
В 1236 году он женил своего сына Гуго на Алисе Меранской, дочери графа Оттона II Меранского. В 1237 году, чтобы контролировать политику графа Оттона, Жан обменял свои наследственные графства Шалон и Осон на сеньорию Сален и ряд других владений, своему племяннику, герцогу Бургундии Гуго IV. В результате чего Шалон и Осон вошли в состав герцогства.
Новые владения принесли ему большое богатство благодаря своим солончакам, а также позволили более активно вмешиваться в бургундские дела. Кроме того эти владения позволили ему взимать дорожные пошлины, поскольку именно через них проходила дорога из Италии во Францию. Кроме того Жан всячески старался увеличить свои владения, выкупая права на разные земли (их в Бургундии у него было больше пятидесяти).
После смерти в 1248 году графа Бургундии Оттона III графство Бургундия перешло к его сестре Алисе, жене Гуго де Шалона. Будучи самым могущественным феодалом в регионе, Жан пожелал править Бургундией от имени своей невестки, что вызывало постоянные конфликты с сыном Гуго. После смерти Гуго Жан стал регентом графства при малолетнем Оттоне IV, но вскоре умер.
Жан оставил от трёх браков многочисленное потомство. Графство Бургундия до 1279 года находилось под управлением вдовы Гуго, Алисы Меранской, вышедшей в 1268 году вторично замуж — за Филиппа Савойского, до её смерти, после чего перешло к её сыну Оттону IV. Владения же Жана Мудрого разделили его живые на тот момент сыновья. Один сын, Жан де Шалон (1243—1309), сеньор де Рофор, получивший земли на юге графства. Кроме того, после брака на Алисе, внучке герцога Гуго IV, он унаследовал графство Осер. Другой сын, Жан де Шалон-Арлей (1259—1315), унаследовал владения на юге Юры, в центре Бургундии, а также Безансон.