При жизни своего отца, он носил титул сеньора, а позже - графа де Шароле, который получил от матери, и управлял Ломанем, переданным ему в апанаж родителями.
С 1351 г. он принимал активное участие в сражениях Столетней войны, сражаясь то под командованием своего отца (в том числе поход в Прованс в 1358 г., и в Кастилию в 1361 г.), то своего сеньора по землям в Шароле - Филиппа, герцога Бургундии, то своего зятя, Жана, герцога де Берри, а то и самого короля (в том числе он выступал как посредник между королем и Большими Компаниями). Он предпочитал вербовать для войны Большие Компании (среди которых пользовался большим авторитетом), чем набирать на своих землях многочисленную, но малоэффективную армию, которой постоянно грозили чума и голод.
В отличие от своего отца, ему, как сеньору де Шароле, не пришлось испытать унижение в результате мирного договора в Бретиньи (1360), и приносить оммаж своим многолетним противникам, Эдуарду III, королю Англии, и его сыну Эдуарду, принцу Уэльскому и герцогу Аквитании.
Тем не менее, он был первым, и долгое время единственным, кто поддержал апелляцию своего отца к Карлу V, королю Франции, против действий принца Уэльса, которая в итоге привела к освобождению Гаскони от англичан.
В начале его правления, ему было поручено управление Лангедоком.
В 1379 г. он заключил мир с Гастоном III, графом де Фуа, закрепив его браком своей дочери, Беатриссы, с сыном Гастона Феба. Таким образом был завершен 89-летний конфликт между двумя наиболее мощными семьями юга Франции, сопровождающийся беспрерывными войнами.
В 1380 г. он поддержал возмущение дворян графства Комменжа против Жанны, их графини, вошёл в Комменж, захватил Жанну и поместил её в своем замке Овиллар, а затем заключил её в замке Лектура.
Замешанный в интриги своего зятя, герцог де Берри, против его брата, всемогущего герцога Бургундии, Жан II был вызван к французскому двору, чтобы дать показания по следующим обвинениям:
Процесс так и не начался, так как Жан II умер в Авиньоне, по дороге в Париж.
4 (21) ноября 1359 г. он женился на Жанне де Перигор, дочери Роже Бернара, графа де Перигора, и Леоноры де Вандом. От этого брака у них были дети:
Известны его побочные дети: