Ученик Ревуаля в Лионе, а затем Энгра в Париже; будучи всего 18-ти лет от роду, получил большую так называемую Римскую премию от Парижской академии художеств и отправился в Италию, где усердно изучал произведения мастеров ранней эпохи Возрождения. По возвращении в Париж посвятил себя преимущественно религиозной живописи и вскоре был признан одним из самых искусных художников по её части.
Простота и ясность композиции, правильность и изящная плавность рисунка, красота и благородство изображенных фигур, задушевность выражения, приданного их лицам, и полная вкуса укладка драпировок составляют главные качества его произведений. Из больших картин Ипполита Фландрена особенно замечательны «Св. Клар, епископ Нантский, исцеляет слепых» (находится в Нантском соборе), «Не возбраняйте малых сих приходить ко Мне» (1839), «Проповедь Савонаролы во Флоренции» (1840), «Скорбящая Богоматерь» и «Обращение апостола Павла ко Христу».
Украсив стенной живописью Иоанновскую капеллу в церкви св. Северина, Ипполит Фландрен взялся в 1842 году расписать фресками хор церкви Сен-Жермен-де-Пре, что и исполнил превосходно, изобразив здесь в числе других сюжетов «Вход в Иерусалим», считающийся самым удачным творением этого художника. В 1853 г. были написаны им фрески в виде двух фризов на боковых стенах нефа церкви Сен-Венсен-де-Поль, за которые Французский институт избрал его в свои члены. После того он украсил новую базилику св. Павла в Ниме фресками в стиле старых флорентийцев и сиенцев и апсиду монастырской церкви Эне, близ Лиона, стенной живописью в характере равеннских мозаик и фресок, но с соблюдением правильности рисунка и вообще своего собственного стиля.
Портретные работы Ипполита Фландрена не уступают его религиозным и историческим картинам; как на особенно мастерские среди них можно указать на портреты Наполеона III, принца Жерома, госпожи Лежантиль, девицы Бальтар и «Девушки с гвоздикою».
Сын Приама.
1833-34.
Сидящий обнажённый юноша
1855. Музей Лувра.
Жозеф Шарль Поль Бонапарт
1860. Музей Лувра.