Достижения Мабильона в области критики источников считают эпохальными. По словам Марка Блока, «год 1681 — год публикации „De Re Diplomatica“ — поистине великая дата в истории человеческого разума».
Был членом конгрегации мавристов и Академии надписей. С 1664 работал в библиотеке аббатства Сен-Жермен-де-Пре, где и осуществил многотомную публикацию источников по истории ордена бенедиктинцев с комментариями и примечаниями.