Жан-Пьер Жёне родился 3 сентября 1953 года в Роанне. В 17 лет он был простым рабочим на почте. В 21 год начал работать в маленькой анимационной студии. В середине семидесятых он встречается с Марком Каро, который рисует комиксы, и с ним лепит головы для марионеток. Вместе они сняли свою первую картину «Бункер последней очереди» (фр. «Le bunker de la derniere rafale»), где выступили как сценаристы, режиссеры, актеры, операторы и продюсеры. Этот короткометражный фильм вышел в 1981 году и на протяжении нескольких лет во Франции показывался вместе с первым фильмом Дэвида Линча «Голова-ластик». Таким образом, дуэт Каро — Жёне быстро получает статус культового. Их первая полнометражная картина «Деликатесы» (фр. «Delicatessen», 1991) закрепила их положение в кинематографе. «Город потерянных детей» (фр. «La cite des enfants perdus», 1993) стоил намного дороже и оказался коммерчески неудачным. Но способности и оригинальность Жёне были подтверждены его рекламными роликами.
Самой удачной работой режиссёра стала культовая картина «Амели».