Родился в Швейцарии, получил хорошее образование в доме отца, довольно известного врача; потеряв родителей, зарабатывал на жизнь уроками и врачебной практикой, переезжая из города в город; более 10 лет прожил в Англии и Голландии и выступил здесь с рядом книг и брошюр, сразу создавших ему многочисленных врагов страстностью тона и резкими нападками на авторитеты. Есть сведения, что он собирался принять британское подданство для женитьбы на Анне-Летиции Эйкин. В 1773 году он издал книгу «О человеке, или Принципы и законы влияния души на тело и тела на душу» (фр. «De l’homme ou des principes et des lois de l’influence de l'?me sur le corps et du corps sur l'?me») (Амстердам), вовлекшую его в полемику с Вольтером; за ней последовала революционная брошюра «Цепи рабства» (англ. «The chains of slavery» Лондон, 1774; франц. изд. «Les cha?nes de l’esclavage», Париж, 1792 и сл.). К этому же времени относятся его естественнонаучные труды, существеннейший недостаток которых — неимоверное высокомерие в отзывах о таких учёных, как Ньютон, д’Аламбер, Лавуазье. В 1775 Эдинбургский университет присудил ему степень доктора медицины. Тем не менее в 1779 г Французская Академия наук, разобрав мемуар Марата об огне, электричестве и других явлениях, нашла, что опыты его новы, точны и успешны, метод оригинален. Франклин присутствовал при одном опыте Марата, когда тот пытался доказать, что резина проводит электричество, но раскрыл обман (в резину была положена иголка) и отказался присутствовать при других «опытах». Вопреки распространенному убеждению, Франклин прислал лишь одно письмо Марату — поздравление с Новым годом, что не мешало Марату распространять слухи о том, что Франклин ведет с ним переписку. С 1779 по 1787 г. Марат состоял врачом в придворном штате графа д’Артуа.
В 1780 г. он представил на конкурс свой «Plan de l?gislation criminelle» (Нёвшатель, 1780) (План уголовного законодательства), в котором он примыкает к школе криминалистов-филантропов. Некоторые идеи этого трактата (необходимость заботиться о том, чтобы позор от наказания не распространялся на неповинные семьи преступников) были усвоены императором Иосифом II. Высказываясь в духе просветительной эпохи о правах низших классов, Марат проводит, между прочим, мысль, что «никакой избыток не должен принадлежать кому-либо по праву, пока есть люди, нуждающиеся в насущном».
В 1789 г. он написал «Дар отечеству» («Offrande ? la patrie»), «Tableau des vices de la constitution anglaise», составил проект установления конституционной монархии и наконец начал издавать газету «Друг народа» («Ami du peuple»), выходившую с 12 сентября 1789 г. по самый день смерти Марата, под разными названиями. Целью этого издания было изобличение врагов народа, причём Марат с одинаковой резкостью обрушивался на королевскую семью, на министров и членов национального собрания. «Друг народа» много способствовал распространению среди народа, особенно в Париже, крайнего революционного фанатизма; его читали нарасхват, популярность его выразилась и в многочисленных циркулировавших тогда подделках под него.
Ожесточённый тон газеты вызвал против Марата преследования. Он принужден был скрываться в подвалах, не покидая, однако, своей работы, один раз даже бежал в Англию — но эти гонения придали ему лишь ещё больше энергии и сделали его более свирепым: он стал говорить о необходимости обновления общества принесением в жертву сотен и тысяч голов изменников. В конце 1791 г. он переселился в Лондон, где занялся составлением книги: «Ecole du citoyen», но в апреле 1792 г. вернулся в Париж и с удвоенной энергией взялся за издательство. Нападения на него жирондистов, требовавших привлечения его к суду за подстрекательство к убийствам, вызвали в нём страшную к ним ненависть, тем более, что опять его печатные станки стали уничтожать и опять ему пришлось прятаться по подвалам. События 10 августа дали ему власть и влияние. В этот день он распространил в городе плакат, в котором призывал к умерщвлению всех антиреволюционеров. Он был избран в члены наблюдательного комитета коммуны и своей проповедью сильно содействовал сентябрьским убийствам; он же подписал и, вероятно, редактировал циркуляр комитета коммуны, в котором эти убийства оправдывались и провинция приглашалась последовать примеру Парижа (потом, однако, он отрицал своё участие и называл сентябрьские события «несчастными»). Избранный в конвент от Парижа, он занял место во главе монтаньяров и стал главной мишенью жирондистских ораторов. Жирондисты настояли наконец на предании его суду за опубликованное им, в качестве президента якобинцев, воззвание, в котором он заявлял, что конвент заключает в недрах своих контрреволюцию. Несмотря на протесты Дантона, Марат 14 апреля 1793 г. был призван к суду за проповедь роспуска собрания и призыв к убийству и грабежам; доказательства были взяты из разных номеров его газеты. Революционный трибунал, 24 апреля 1793 г., единогласно оправдал его, и он с триумфом был приведён обратно в конвент. Теперь вся его деятельность устремилась на уничтожение жирондистов; он был одним из главных виновников их проскрипции.
Страдая от тяжёлой кожной болезни, Марат не выходил из дома и для облегчения страданий постоянно принимал ванны; во время одной из них 13 июля 1793 г., его посетительница, дворянка Шарлотта Корде предложила ему новый список «врагов народа». Пока обрадованный Марат записывал их имена, Шарлотта заколола его кинжалом. Марат умер, успев лишь крикнуть: «A moi, ma ch?re amie!» (Ко мне, моя подруга!). 16 июля 1793 г. его тело с большим торжеством было похоронено в саду клуба Кордельеров; сердце покойного было извлечено и помещено в зале заседаний клуба. В честь Марата был ненадолго переименован Монмартр (Montmarat) и город Гавр.
21 сентября 1794 г. (любопытно, что уже после 9 термидора) тело его было перенесено в Пантеон, но 8 вантоза III г. удалено из него (1795); в тот же день прах Марата золотой молодёжью был брошен в канализацию.
После революции 1917 г. в СССР имя Марата как одного из основателей революционной диктатуры и революционного террора было увековечено в названии многих объектов. В Москве существовали Большой и Малый Маратовские переулки (ранее Курбатовы, ныне Ордынские), названные по кондитерской фабрике имени Марата.
В Санкт-Петербурге есть улица Марата. Улица Марата есть также в Нижнем Новгороде, Севастополе, Курске, Калининграде, Екатеринбурге, Омске, Иркутске, Красноярске, Ижевске, Ульяновске, Мурманске, Тайшете, Туле, Калуге, Мичуринске и др.
В 1921 г. именем «Марат» был назван флагман Краснознамённого балтийского флота, бывший линкор «Петропавловск». (В 1943 г. линкору было возвращено его прежнее название).
В советское время (особенно до войны) получило распространение мужское имя Марат.
В СССР выходили апологетические биографии Марата (неоднократно - в серии ЖЗЛ), а также публиковались его произведения.