Родился в г. Ниме на юге Франции. Был послом Франции в Лиссабоне с 1559 по 1561.
Был послан в Португалию для обсуждения вопросов женитьбы шестнадцатилетней принцессы Маргариты де Валуа и пятилетнего короля Себастиана Португальского.
По возвращении из Португалии купил табачные плантации. Из Испании привез табак во Францию. В 1560 Нико ввел в употребление при французском дворе нюхательный табак. Постоянным покупателем табака стала королева-мать Екатерина Медичи. Табак также понравился главному настоятелю мальтийского ордена, который способствовал распространению его среди своей братии. Все это привело к тому, что все большее количество парижан стало потребителями табака. Имя Нико стало широко известно.
Растение было названо в честь Нико — Nicotiana.
Жан Нико также составил один из первых словарей французского языка, «Thresor de la langue franсoyse tant ancienne que moderne» (опубликован в 1606).