Бенекс родился 8 октября 1946 г. в Париже. В 1960-х годах начал работать в кино ассистентом у режиссёров Жака Беккера, Клода Берри, Клода Зиди. В 1978 году представил короткометражный фильм «Собака месье Мишеля». В 1981 году снял фильм «Дива», получивший четыре премии «Сезар» (в том числе за лучший кинодебют) и номинации на награды БАФТА, XII Московского кинофестиваля.
Следующий его фильм, премьера которого состоялась на Каннском кинофестивале, — «Луна в сточной канаве» (1983) с Жераром Депардьё и Настасьей Кински в главных ролях — был признан большинством критиков претенциозным. В 1987 году фильм «Тридцать семь и два по утрам» (в американском прокате «Бетти Блю») получил номинации «Оскар» и «Золотой глобус» как лучший иностранный фильм, девять номинаций на «Сезар» и гран-при кинофестиваля в Монреале.
После смерти Ива Монтана в 1992 году на съёмках фильма «ИП5: Остров толстокожих» в творчестве Бенекса наступил перерыв. Он снял два документальных фильма, занимал пост президента Ассоциации писателей, режиссёров и продюсеров. В 2001 году снял фильм «Приключения трупа». В настоящее время Бенекс занимается продюсированием.
С 1982 года Бенекс снял около 30 рекламных роликов для таких компаний, как Fuji, Esso, Renault, Apple.