Жан Жене родился в Париже 19 декабря 1910 года. Мать Жана, психически неуравновешенная женщина, отдаёт его на воспитание в крестьянскую семью. В детстве Жене был набожным и послушным мальчиком, пока в возрасте десяти лет его не поймали на воровстве. Позже выяснилось, что кражу он не совершал. Обиженный на мир, он решает стать вором. Жан писал об этом позже: «Я решил отрицать мир, который отрицал меня». С малых лет жизнь Жене омрачается всевозможными проблемами и трудностями — за многочисленные кражи он в 15-летнем возрасте попадает в колонию для несовершеннолетних Меттрэ. Но это его нисколько не печалит: там слабый Жан становится любовником сильных и харизматичных подростков, и он горд тем, что пользуется успехом у авторитетных ребят. Период жизни писателя, проведённый в этой колонии стал основой сюжета его романа «Чудо о розе» (Miracle de la rose, 1946). В середине декабря 1927 года Жене бежит из колонии, но вскоре его туда возвращают. Для того чтобы вырваться из заключения, 18-летний Жан записывается на службу в Иностранный легион, но вскоре, прихватив с собой личные вещи одного из офицеров, дезертирует и за систематические мелкие кражи, использование поддельных документов, бродяжничество снова несколько раз попадает в тюрьму. Во Франции, во время немецкой оккупации, он почти всё время находится в заключении.
Своё литературное творчество Жене начинает в 1940-х годах. Его первые произведения, как и произведения Эрика Журдена, затрагивали такие щекотливые темы, как гомосексуальность и преступность. Публикация первого романа «Богоматерь цветов» (1943) открывает перед писателем двери литературного мира. К этому времени он уже успел познакомиться с Андре Жидом и издателем Жаном Декарненом, который был любовником Жене. Появляются поклонники среди читателей — выдающихся мыслителей и литераторов своего времени: Жан Кокто и Жан-Поль Сартр становятся его добрыми друзьями и живо интересуются литературным наследием писателя. Эти люди помогли Жене избежать пожизненного заключения, которое ему грозило за кражу редкого издания Верлена. В тюрьму он уже больше никогда не попадёт. За пять лет Жан написал и издал пять романов. Жан-Поль Сартр начинает писать предисловие к собранию его сочинений и останавливается только тогда, когда «предисловие» разрастается до 600 страниц. В 1952 году оно выходит под названием «Святой Жене, комедиант и мученик» (Saint Genet, com?dien et martyr). Жене был настолько потрясен глубиной анализа своих произведений, а также неожиданно свалившейся на него славой выдающегося писателя, что это повлекло творческий кризис, который продолжается до 1956 года.
В литературу он возвращается, но уже как драматург. Одна за другой выходят три его пьесы - «Балкон» (Le Balcon, 1956), «Негры» (Les N?gres, 1958 ) и «Ширмы» (Les Paravents, 1961), демонстрирующие другую сторону его таланта: от автобиографической прозы писатель переходит к аллегориям с политическим подтекстом. В это самое время Жене влюбляется в канатоходца-араба по имени Абдула. Но эти отношения длятся недолго. Из-за несчастных случаев и травм Абдула совершает самоубийство. Жене впадает в депрессию и сам пытается покончить с собой. Больше он ничего не пишет. Теперь его интересует только политика.
Необычность и деликатность тем произведений Жана Жене, на многие из которых в середине XX столетия было наложено суровое табу, привели к тому, что в 1950-ых годах некоторые его книги были запрещены в США.
В конце 1960-х годов Жан Жене активно включается в политическую жизнь страны, участвуя в демонстрациях за улучшение жизненных условий африканских иммигрантов во Франции. Не скрывая своей гомосексуальности, Жан Жене вопреки своей воле, становится одним из символов и вдохновителей движения геев за равноправие.
Жене заболел раком горла. Его тело нашли 15 апреля 1986 в гостиничном номере в арабском районе Парижа. Писатель так никогда и не обзавелся собственным жильем. Похоронен на испанском кладбище в городке Лараш (Марокко) недалеко от домика, где когда-то жил. Права на издание своих произведений Жене завещал своему бывшему любовнику. После смерти писателя молодой человек периодически появлялся в издательстве «Галлимар» за гонорарами. Он никогда никого ни о чем не спрашивал, ни с кем не разговаривал, а просто молча брал деньги и уходил. При этом он не мог даже расписаться в ведомости, поскольку не умел писать.