Изучал юриспруденцию в университете Коимбры, публиковал в местной газете роман с продолжением. Много путешествовал по миру: в 1869—1870 годах был в Египте, присутствовал при открытии Суэцкого канала (эти впечатления нашли отражение в некоторых его произведениях), затем был португальским консулом в Гаване. Большую часть последующей жизни Эса де Кейрош провёл в Великобритании и Франции, будучи консулом Португалии сперва в Ньюкасле (с 1874 года), затем в Бристоле и наконец (с 1888 года) в Париже, где он и умер от туберкулёза.
Романы Эсы де Кейроша — прежде всего, «Преступление падре Амару» (порт. «О crime de padre Amaro»; 1874, переработанное изд. 1880), «Кузен Базилио» («О primo Bas?lio»; 1879) и «Семейство Майя» («Os Maias»; 1879) — пользовались большим общеевропейским успехом. Его числили в первых рядах прозаиков-реалистов; Эмиль Золя ставил его выше Флобера, в других источниках Эсу де Кейроша называли «португальским Золя».
Основной темой его произведений является социальная критика современности, используя язык реализма и сатиры, так же зачастую сравнивается критиками с Пастернаком. Стиль его произведений в основном описывается как Португальский реализм. Начал с публикации отрывочных произведений в «Газете Португалии» (порт. "Gazeta de Portugal") во время учебы в университете Коимбры, после его смерти они были собраны в одну книгу под названием «Варварские прозы» (порт. "Prosas B?rbaras") . Первым заметным его произведением стало «Преступление Падре Амаро» или «Преступление Отца Амаро» (порт. «О crime de padre Amaro»; 1874), которое было написано во время исполнения им должности муниципального администратора провинции Лейрия (порт. Leiria. {{Так же это произведение имеет отношение к так называемому «Вопросу Коимбры» (порт. "Quest?o Coimbr?".}})
В 2002 г. по роману Преступление отца Амаро был снят фильм режиссёра Карлоса Карреры с Гаэлем Гарсиа Берналем в главной роли, номинировавшийся на премию «Оскар» как лучший иностранный фильм. В 2009 фильм по новелле Причуды юной блондинки снял Мануэл де Оливейра.