Жуау Домингуш Бомтемпу родился в семье Франческо Саверио Бомтемпо, гобоиста португальского придворного оркестра, по происхождению итальянца. Образование будущий композитор получил в музыкальной семинарии патриаршего престола в Лиссабоне. В 1795 году, после смерти отца, Бомтемпу занял его место гобоиста придворной капеллы и играл там вплоть до отъезда в Париж в 1801 году. Во Франции он начал карьеру как пианист-виртуоз, затем в 1810 году обосновался в Лондоне, где познакомился с либеральными взглядами и сдружился с итальянским композитором Муцио Клементи, редактировавшим некоторые его сочинения.
В 1822 году Бомтемпу возвращается в Лиссабон и основывает Королевское филармоническое общество. После Мигелистских войн в Португалии он становится учителем музыки при королеве Марии II и первым директором Португальской национальной консерватории, основанной в 1835 году вместо закрытой новым режимом старой семинарии, в которой обучался сам Бомтемпу.
В отличие от большинства своих современников, Бомтемпу не интересовался оперой. Авторству Бомтепму принадлежит широкий фортепианный репертуар — концерты, сонаты, вариации и фантазии. Две его симфонии являются первыми произведениями в этом жанре среди португальских композиторов. Главным шедевром Бомтемпу является реквием, посвящённый памяти португальского поэта Луиса де Камоэнса.