Окончил Парижскую консерваторию по классу композиции Эме Симона Леборна. В 1848 году получил Римскую премию за кантату «Дамокл». Первая комическая опера Дюпрато «Подкидыши» (итал. Les Trovatelles; 1854) и последовавшая оперетта «Господин Ландри» (фр. Monsieur Landry; 1856) были высоко оценены публикой и специалистами, однако этот успех не был поддержан последующими сочинениями Дюпрато, как театральными — оперы «Коринфская невеста» (фр. La Fianc?e de Corinthe), «Богиня и пастух» (фр. La D?esse et le Berger) и др., — так и камерными и вокальными. В дальнейшем в значительной степени переключился на преподавательскую деятельность, сперва в Школе церковной музыки Луи Нидермейера, а с 1871 г. как профессор гармонии в Парижской консерватории. Среди его учеников были, в частности, Робер Планкетт и Антон Симон.