Происхождение Зои однозначно неизвестно, считается, что она происходила из аристократической византийской семьи и приходилась родственницей летописцу Феофану. Император Лев VI сошёлся с ней после смерти его третьей жены Евдокии (901 год) и «была Зоя четвертой царской женой и пребывала во дворце с царем невенчанной». Такое её положение объясняется запретом в Православии вступать в брак более трёх раз.
В конце 905 году Зоя родила Льву VI долгожданного сына, «а во время родов явилась на небе комета, лучи на восток испускавшая, сиявшая сорок дней и ночей». Многие епископы сопротивлялись желанию Льва узаконить младенца, утверждая, что «рожденье ребенка не могло сделать законным запрещенный брак», но патриарх Николай Мистик, спасая свою жизнь после того как стало известно о его участии в заговоре Андроника Дуки, 906 года сам с царскими почестями окрестил младенца:
Однако патриархом было выдвинуто условие — Лев должен был расстаться со своей любовницей Зоей. Но император напротив обвенчался с ней и провозгласил Зою царицей. Патриарх Николай изверг из сана священника, совершившего таинство, а самого императора отлучил от причастия и запретил входить в церковь. Началось противостояние императора и патриарха, закончившиеся в 907 году изгнанием Николая с Константинопольской кафедры.
После смерти (912 год) императора Льва VI на короткое время императором становится его брат Александр. Он возвратил Николая Мистика на константинопольскую кафедру и изгнал из дворца Зою, но её сын Константин Багрянородный продолжал считаться императором-соправителем. После смерти императора Александра патриарх Николай стал во главе регентского совета и по требованию Константина VII Багрянородного вернул его мать Зою из ссылки. Чтобы иметь контроль над Зоей патриарх Николай постриг её в монахини, объявив своей духовной дочерью. Однако Зоя обманула патриарха, сделав обряд недействительным, так как перед постригом съела мясо. Живя во дворце, Зоя постепенно нашла себе сторонников и в феврале 914 организовала нападение на патриарха, который хоть и уцелел, но три недели скрывался в церкви, опасаясь за свою жизнь. Выйдя из неё, он признал своё поражение, Зоя сместила поставленных им чиновников, объявила своё монашество недействительным и стала править как регент при своём малолетнем сыне.
В 919 власть в империи захватил Роман I Лакапин, ставший императором и выдавший свою дочь Елену замуж за Константина VII. Вскоре Зоя была уличена в попытке отравить Романа I:
После пострига и ссылки дальнейшая жизнь Зои и дата её смерти неизвестны.
Православное предание связывает с Зоей чудо от пояса Пресвятой Богородицы, хранившегося в Халкопратийской церкви.
В связи с этим событием ежегодное празднование 31 августа в честь положения пояса Богородицы в Халкопратии приобрело ещё большую торжественность и получило в месяцесловах статус малого праздника.